PDB-3o99: Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with kd13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o99

タイトル

Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with kd13

要素

Pol polyprotein

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
著者: Nalam, M.N. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Cao, H. / Anjum, S.G. / Altman, M.D. / Yilmaz, N.K. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2010年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3o99.ent.gz	73 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3o99_full_validation.pdf.gz	796.1 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o99	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3o9aC 3o9bC 3o9cC 3o9dC 3o9eC 3o9fC 3o9gC 3o9hC 3o9iC 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qi6-d 1mer-d 3o9i-d 4njs-2 2qi1-d 1bv9-d 3mxe-d 1mrw-d 1k6c-d 1t7j-d 4dqh-d 3mxd-d 6oxt-d 1t3r-d 1bdr-d 6pje-d 3o9a-d 3o9g-d 1dmp-d 2qhy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pol polyprotein

B: Pol polyprotein

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.774, 57.885, 61.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pol polyprotein 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 protease (UNP residues 1 to 99) / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: Q90K99
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-K13 / (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(1S,2R)-3-{[(4-aminophenyl)sulfonyl][(2S)-2-methylbutyl]amino}-1-benzyl-2-hydroxypropyl]carbamate 分子量: 561.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₉N₃O₇S
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月26日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 13796 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.414 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7A

1f7a

解像度: 1.95→39.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.231 / SU ML: 0.112 / SU R Cruickshank DPI: 0.1808 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2244	687	5 %	RANDOM
R_work	0.17673	-	-	-
obs	0.17909	13067	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1486	0	53	95	1634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.431	2.019	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.84	3	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.296	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.925	25	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.934	15	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.232	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	869
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.145	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.531	1.5	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.141	1.5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.718	2	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.293	3	645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.89	4.5	562
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	46	-
R_work	0.22	928	-
obs	-	-	98.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8176	-2.1913	0.0283	5.533	0.6316	3.4865	-0.2302	-0.4302	0.0246	0.4398	0.1354	0.211	-0.0588	0.0096	0.0948	0.0005	0.0469	0.0243	0.0006	-0.0056	-0.1395	20.7655	25.6153	29.3987
2	4.9384	-3.5463	0.4776	3.7673	1.2648	4.0119	-0.1527	-0.2213	-0.3974	0.2943	0.2429	0.4008	0.2054	0.1116	-0.0902	-0.0137	-0.0164	0.0488	-0.0865	0.0422	-0.0516	19.7501	17.7143	23.5745
3	4.8543	1.8752	0.1351	4.2764	-0.8681	1.5855	0.0113	0.1197	-0.0559	0.1667	-0.0217	-0.1671	-0.1485	0.1126	0.0105	-0.1028	0.0124	-0.0158	-0.1055	0.0065	-0.1435	27.6872	28.324	18.8747
4	7.4782	-0.7515	0.7327	5.2116	-2.4055	1.5627	0.0562	0.0819	-0.2742	-0.206	0.0378	0.2611	-0.0382	-0.1347	-0.094	-0.0933	0.0214	0.0168	-0.0889	-0.0116	-0.0823	12.3837	26.7451	18.5064
5	13.3229	2.1826	-1.6242	11.7056	0.5439	11.5591	-0.0628	-0.3264	-0.1231	0.0067	-0.05	-1.3715	0.0328	1.0101	0.1128	-0.0355	-0.0232	-0.0973	-0.0541	0.1053	0.1347	39.6679	30.4676	23.9051
6	24.3029	-10.4827	-1.8309	12.4427	1.4154	7.1299	0.2424	0.3284	-0.9144	-0.3001	-0.1204	1.3397	-0.0985	-0.9344	-0.122	-0.0269	-0.0334	-0.0103	0.0441	0.0015	0.2304	0.8841	21.484	17.9845
7	11.5748	2.3239	4.2309	1.2326	1.769	6.9465	0.1315	0.1388	0.3179	-0.1367	0.1429	-0.4843	-0.1782	0.8232	-0.2744	-0.0054	-0.0236	0.0031	-0.0287	0.0797	0.0177	39.6608	31.4163	10.2563
8	9.6876	-2.4262	-2.152	12.2614	3.4831	5.6098	0.3271	0.5125	-0.0519	-0.2123	-0.0397	0.5563	0.0564	-0.8726	-0.2873	-0.0316	-0.0074	-0.0058	0.0893	0.1209	-0.024	0.476	34.3174	13.21
9	13.8197	-0.4183	-3.1296	0.1137	-0.4311	4.5608	-0.0885	0.2675	-0.0747	-0.1312	-0.0724	-0.0793	0.0146	0.1127	0.1609	-0.0411	0.0201	-0.0031	-0.0964	0.0033	-0.0994	27.5928	30.8604	4.2542
10	16.9288	-3.7847	-4.5608	3.4055	-1.1965	3.1477	0.2138	0.2638	0.3095	0.0881	-0.0927	0.3133	-0.0843	-0.0806	-0.1211	-0.0428	0.0009	-0.0064	-0.0721	0.0007	-0.0791	12.5781	39.4047	11.54
11	0.1416	0.2354	-0.5218	4.057	-0.9286	5.6378	-0.0299	0.1409	0.1819	-0.0779	-0.0013	0.4988	-0.4761	-0.121	0.0312	-0.0762	-0.0069	-0.0309	-0.0717	0.0195	-0.0917	29.0737	33.3061	14.346
12	6.592	-4.5339	6.2388	7.0038	-4.1162	5.9124	0.2004	0.4998	-0.3489	-0.4218	-0.0235	0.3448	0.1682	0.1502	-0.1769	-0.0548	0.0169	-0.02	-0.0525	0.0013	-0.085	10.4628	29.2955	12.0311
13	4.2954	-2.7853	1.1797	4.6153	-1.19	0.3883	-0.0346	0.055	-0.1889	-0.0042	-0.0998	-0.2454	0.044	0.1601	0.1344	-0.0817	-0.0081	0.0056	-0.0904	0.0153	-0.091	28.6095	19.3272	19.3411
14	7.2079	-1.0809	-1.4704	0.337	0.6329	1.2725	-0.1056	-0.4845	0.2872	0.2147	0.3832	0.308	0.0208	-0.1047	-0.2776	-0.0319	0.0695	0.0394	-0.0207	0.023	-0.0839	11.7576	28.8789	27.0558
15	0.1618	1.4312	-2.255	12.6578	-19.9439	31.424	0.2256	0.177	-0.7523	-0.8933	-0.991	-0.5098	1.0457	1.3008	0.7654	-0.0763	0.1102	0.0545	0.0613	0.0641	0.0867	38.8677	23.0595	10.3072
16	14.0368	13.989	-15.9191	15.7733	-17.9289	20.3792	0.8686	-0.6051	0.7685	0.9931	0.1146	0.7953	-0.9605	0.0753	-0.9832	-0.0057	0.0983	0.0537	0.0256	0.0197	0.0841	1.6321	36.5928	21.0877
17	20.0274	-0.8496	-1.1417	14.2945	-1.6826	16.986	0.0798	-0.4168	1.2923	0.7148	0.1062	-0.45	0.0195	0.4097	-0.186	-0.0598	-0.0272	-0.1057	-0.08	0.0081	0.0474	37.4124	24.1749	24.3123
18	33.3313	-19.8409	-1.0297	30.4135	0.1531	12.7156	-0.2764	0.3179	0.0731	0.3546	-0.1638	-0.5967	0.6322	0.6735	0.4401	0.0072	0.019	0.0508	0.054	0.0508	0.0049	2.6641	23.0577	24.2862
19	0.4241	-1.1845	0.8527	4.5251	-5.8118	11.3853	-0.0424	-0.1972	-0.1287	0.1023	-0.085	-0.1316	-0.085	0.104	0.1274	-0.1039	-0.0016	-0.0044	-0.0406	0.0451	-0.0038	35.6565	21.7355	18.2742
20	3.9756	3.0319	-6.4468	4.6635	-3.1791	11.7377	-0.1747	-0.3497	-0.1548	-0.031	-0.089	0.0855	0.1423	0.0934	0.2637	-0.0858	0.0338	0.0101	-0.0401	0.052	0.0507	4.0006	28.5116	25.3602
21	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	21 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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