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- PDB-3nux: CDK6 (monomeric) in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nux
タイトルCDK6 (monomeric) in complex with inhibitor
要素Cell division protein kinase 6
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / Protein Kinase / ATP binding / Phosphorylation / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation ...cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / astrocyte development / dentate gyrus development / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of cell motility / gliogenesis / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / positive regulation of cell-matrix adhesion / generation of neurons / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of cell cycle / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Notch signaling pathway / ruffle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / regulation of erythrocyte differentiation / response to virus / Oncogene Induced Senescence / G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of epithelial cell proliferation / Cyclin D associated events in G1 / positive regulation of fibroblast proliferation / T cell differentiation in thymus / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of cell cycle / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / cell division / protein serine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 6 / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Cyclin-dependent kinase 6 / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3NV / Cyclin-dependent kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chopra, R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: 4-(Pyrazol-4-yl)-pyrimidines as selective inhibitors of cyclin-dependent kinase 4/6.
著者: Cho, Y.S. / Borland, M. / Brain, C. / Chen, C.H. / Cheng, H. / Chopra, R. / Chung, K. / Groarke, J. / He, G. / Hou, Y. / Kim, S. / Kovats, S. / Lu, Y. / O'Reilly, M. / Shen, J. / Smith, T. / ...著者: Cho, Y.S. / Borland, M. / Brain, C. / Chen, C.H. / Cheng, H. / Chopra, R. / Chung, K. / Groarke, J. / He, G. / Hou, Y. / Kim, S. / Kovats, S. / Lu, Y. / O'Reilly, M. / Shen, J. / Smith, T. / Trakshel, G. / Vogtle, M. / Xu, M. / Xu, M. / Sung, M.J.
履歴
登録2010年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4182
ポリマ－35,0191
非ポリマー3991
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.960, 101.960, 59.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase PLSTIRE


分子量: 35019.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00534, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-3NV / 4-[5-chloro-3-(1-methylethyl)-1H-pyrazol-4-yl]-N-(5-piperazin-1-ylpyridin-2-yl)pyrimidin-2-amine / 4-(5-chloro-3-isopropyl-1H-pyrazol-4-yl)-N-(5-(piperazin-1-yl)pyridin-2-yl)pyrimidin-2-amine


分子量: 398.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23ClN8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES pH 6.0, 12% PEG3350, 0.1M NH4NO3 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月20日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 8514 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.22 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 13.3 / Scaling rejects: 465
反射 シェル

% possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2
2.7-2.87.070.5112.461138491.38
2.8-2.917.20.424360978361.3
2.91-3.047.230.3343.861028371.19
3.04-3.27.270.2615.462308501.19
3.2-3.47.320.1896.762748530.97
3.4-3.667.250.1211061348430.86
3.66-4.037.220.07815.461308450.81
4.03-4.67.310.05621.163678670.72
4.6-5.787.280.04524.862008480.78
5.78-207.020.03139.262558860.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.6Lデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
d*TREKデータ削減
MOLREP位相決定
CNX2002精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 865084 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 442 5.2 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs-8512 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.6117 Å2 / ksol: 0.3446 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 115.74 Å2 / Biso mean: 67.9135 Å2 / Biso min: 35.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.72 Å20 Å20 Å2
2--7.72 Å20 Å2
3----15.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2090 0 28 38 2156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.952.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 68 4.9 %
Rwork0.423 1334 -
all-1402 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4li1.parli1.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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