PDB-3nef: High-resolution pyrabactin-bound PYL1 structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nef

タイトル

High-resolution pyrabactin-bound PYL1 structure

要素

Abscisic acid receptor PYL1

キーワード

HYDROLASE / PYL1 / Pyrabactin / HORMONE RECEPTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein serine/threonine phosphatase activity / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / plastid / defense response / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Yan, N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Functional mechanism of the ABA agonist pyrabactin
著者: Hao, Q. / Yin, P. / Yan, C. / Yuan, X. / Li, W. / Zhang, Z. / Liu, L. / Wang, J. / Yan, N.

履歴

登録	2010年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nef.cif.gz	161.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nef.ent.gz	128.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nef_validation.pdf.gz	915.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nef_full_validation.pdf.gz	922.2 KB	表示
XML形式データ	3nef_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	3nef_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3negC 3kdjS 3kdh 3kdi S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3neg-1 4ago-1 5qur-d 5moa-d 5qun-d 5fow-2 4b3d-1 2bim-2 4kmz-d 3oqj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYL1

B: Abscisic acid receptor PYL1

ヘテロ分子

47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Abscisic acid receptor PYL1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Abscisic acid receptor PYL1

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.57, 128.57, 87.24
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYL1 / PYL1 / PYR1-like protein 1 / ABI1-binding protein 6 / Regulatory components of ABA receptor 9 分子量: 23327.898 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-221 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8VZS8, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PYV / 4-bromo-N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Pyrabactin / ピラバクチン分子量: 377.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₃BrN₂O₂S / コメント: ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.43 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M citric acid pH 5.5, 0.01M GSH/GSSG, 10% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9067 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9067 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→40.616 Å / Num. all: 30549 / Num. obs: 30549 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / R_merge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 54.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BSS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KDJ

3kdj

解像度: 2.4→40.616 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.94 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2228	1639	5.37 %
R_work	0.1881	28910	-
obs	0.1899	30549	92.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.094 Å² / k_sol: 0.361 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.72 Å² / B_iso mean: 56.312 Å² / B_iso min: 20.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.985 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.985 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.9699 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.616 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2870	0	22	123	3015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2943
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.142	3988
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.818	1076
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	453
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4707	0.271	129	0.2465	1160	X-RAY DIFFRACTION	47
2.4707-2.5504	0	0	0.2446	1911	X-RAY DIFFRACTION	71
2.5504-2.6415	0.2968	290	0.2596	2386	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6415-2.7473	0	0	0.2446	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.8723	0.2833	275	0.2358	2416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8723-3.0237	0.2289	218	0.2074	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0237-3.213	0	0	0.1917	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.213-3.461	0.2286	195	0.1742	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.461-3.8091	0.1925	204	0.1608	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8091-4.3597	0	0	0.1513	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3597-5.4906	0.1748	130	0.1551	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4906-40.622	0.1981	198	0.1907	2644	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2288	0.0256	0.0025	1.6141	1.3149	3.506	-0.1557	-0.0611	0.0281	-0.0914	0.1561	0.0902	-0.2073	0.2338	-0	0.2053	-0.0565	-0.0242	0.2288	-0.0138	0.2156	-55.7048	37.1466	-12.4183
2	2.3274	0.6731	0.207	2.0973	-0.0078	3.2559	-0.1587	0.2033	0.0242	-0.1294	0.3915	0.0675	-0.3365	0.327	0.0003	0.2619	-0.246	-0.0364	0.3355	0.0395	0.2574	-43.5197	56.7944	3.1263

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	3 - 189
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	9 - 191

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)