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- PDB-3n8k: Type II dehydroquinase from Mycobacterium tuberculosis complexed ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3n8k | ||||||
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Title | Type II dehydroquinase from Mycobacterium tuberculosis complexed with citrazinic acid | ||||||
![]() | 3-dehydroquinate dehydratase | ||||||
![]() | LYASE / DEHYDRATASE / SHIKIMATE PATHWAY / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS / tuberculosis / drug target / citrazinic acid / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
Function / homology | ![]() quinate catabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Snee, W.C. / Palaninathan, S.K. / Sacchettini, J.C. / Dias, M.V.B. / Bromfield, K.M. / Payne, R. / Ciulli, A. / Howard, N.I. / Abell, C. / Blundell, T.L. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural investigation of inhibitor designs targeting 3-dehydroquinate dehydratase from the shikimate pathway of Mycobacterium tuberculosis. Authors: Dias, M.V. / Snee, W.C. / Bromfield, K.M. / Payne, R.J. / Palaninathan, S.K. / Ciulli, A. / Howard, N.I. / Abell, C. / Sacchettini, J.C. / Blundell, T.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 749.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 136.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 178.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3n59SC ![]() 3n76C ![]() 3n7aC ![]() 3n86C ![]() 3n87C ![]() 3n8nC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 18649.947 Da / Num. of mol.: 24 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P0A4Z6, UniProt: P9WPX7*PLUS, 3-dehydroquinate dehydratase #2: Chemical | ChemComp-D1X / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: microbatch Details: MtDHQase protein was concentrated to 10-15 mg/mL prior to crystallization, using Amicon Ultra MWCO 5 KDa protein concentrators. MtDHQase crystals were grown in 4 uL drops composed of 5-7 ...Details: MtDHQase protein was concentrated to 10-15 mg/mL prior to crystallization, using Amicon Ultra MWCO 5 KDa protein concentrators. MtDHQase crystals were grown in 4 uL drops composed of 5-7 mg/mL protein, 15% PEG monomethyl ether 2,000, 0.075 M KBr, 25 mM Tris, 50 mM NaCl, 0.5 mM DTT, 0.5 mM EDTA, pH 7.5 in microbatch plates covered with 5 mL Al s oil, Microbatch, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 14, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→50 Å / Num. all: 176635 / Num. obs: 176635 / % possible obs: 98.44 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3N59 Resolution: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 14.791 / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.219 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.441 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.307 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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