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万見
- PDB-3n7s: Crystal structure of the ectodomain complex of the CGRP receptor,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n7s
タイトルCrystal structure of the ectodomain complex of the CGRP receptor, a Class-B GPCR, reveals the site of drug antagonism
要素
  • Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
  • Receptor activity-modifying protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / class B GPCR / antagonist / olcegepant / telcagepant / migraine
機能・相同性
機能・相同性情報


calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / adrenomedullin binding / positive regulation of protein glycosylation / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity ...calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / adrenomedullin binding / positive regulation of protein glycosylation / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcitonin gene-related peptide receptor activity / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / coreceptor activity / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / protein localization to plasma membrane / G protein-coupled receptor activity / intracellular protein transport / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / calcium ion transport / protein transport / heart development / G alpha (s) signalling events / angiogenesis / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / receptor complex / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell surface / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain ...Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / DNA polymerase; domain 1 / Few Secondary Structures / Irregular / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3N6 / Chem-3N7 / Receptor activity-modifying protein 1 / Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ter Haar, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the Ectodomain Complex of the CGRP Receptor, a Class-B GPCR, Reveals the Site of Drug Antagonism.
著者: Ter Haar, E. / Koth, C.M. / Abdul-Manan, N. / Swenson, L. / Coll, J.T. / Lippke, J.A. / Lepre, C.A. / Garcia-Guzman, M. / Moore, J.M.
履歴
登録2010年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32022年10月26日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
B: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
C: Receptor activity-modifying protein 1
D: Receptor activity-modifying protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1807
ポリマ－48,8684
非ポリマー1,3123
水2,360131
1
A: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
D: Receptor activity-modifying protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3043
ポリマ－24,4342
非ポリマー8701
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
2
B: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
C: Receptor activity-modifying protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8774
ポリマ－24,4342
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.305, 119.131, 137.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-218-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor / CGRP type 1 receptor / Calcitonin receptor-like receptor


分子量: 13431.703 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALCRL, CALRL_HUMAN, CGRPR / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q16602
#2: タンパク質 Receptor activity-modifying protein 1 / Calcitonin-receptor-like receptor activity-modifying protein 1 / CRLR activity-modifying protein 1


分子量: 11002.491 Da / 分子数: 2 / 断片: Extra-cellular domain residues 26-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAMP1, RAMP1_HUMAN / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: O60894

-
非ポリマー , 4種, 134分子

#3: 化合物 ChemComp-3N6 / N-{(1S)-5-amino-1-[(4-pyridin-4-ylpiperazin-1-yl)carbonyl]pentyl}-3,5-dibromo-Nalpha-{[4-(2-oxo-1,4-dihydroquinazolin-3 (2H)-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}-D-tyrosinamide / Olcegepant / BIBN-4096BS


分子量: 869.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H47Br2N9O5 / コメント: アンタゴニスト*YM
#4: 化合物 ChemComp-3N7 / N~4~-(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)-N~2~-1H-indazol-5-yl-6-methylpyrimidine-2,4-diamine


分子量: 346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N8
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.5
詳細: CLR/RAMP1 complex was mixed with Olcegepant prior to crystallization in a 1:4 (protein:compound) molar ratio. Crystals were obtained by mixing 0.6uL protein with 0.3uL reservoir solution ...詳細: CLR/RAMP1 complex was mixed with Olcegepant prior to crystallization in a 1:4 (protein:compound) molar ratio. Crystals were obtained by mixing 0.6uL protein with 0.3uL reservoir solution containing 1-1.3M ammonium sulfate, 6-8% dioxane, 60-80mM MES pH 6.5, 0.4 M potassium thiocyanate. The crystals were transferred to 2.1M NaMalonate (pH 7.0) prior to freezing in liquid nitrogen, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 30529 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.214 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.183.10.42417820.90651.5
2.18-2.263.60.38622030.92863.7
2.26-2.3740.31325130.99272.5
2.37-2.494.20.27629431.00984.3
2.49-2.654.50.23333431.03396.3
2.65-2.8550.234811.08699.9
2.85-3.145.10.11735221.152100
3.14-3.595.10.06135021.29999.9
3.59-4.5250.04435631.76599.8
4.52-1004.80.02936771.37199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
BUSTER2.9.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→46.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1509 4.95 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.209 30514 --
原子変位パラメータBiso max: 120.26 Å2 / Biso mean: 42.815 Å2 / Biso min: 15.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.952 Å20 Å20 Å2
2--2.732 Å20 Å2
3---6.22 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.323 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2900 0 85 131 3116
拘束条件
Refine-IDタイプ数WeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9862
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1022
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4615
X-RAY DIFFRACTIONt_it308820
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd05
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3725
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact37034
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d308820.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg420421.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.95
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 78 4.83 %
Rwork0.245 1537 -
all0.246 1615 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8727-0.29411.89632.0028-0.6243.6114-0.1564-0.15380.40010.3073-0.0172-0.0324-0.5358-0.08480.17360.06910.0989-0.0698-0.1078-0.0573-0.080521.167231.680168.2154
21.26471.09670.49323.69350.51832.62310.0384-0.01510.02550.04320.0118-0.03350.2921-0.0431-0.05020.0309-0.0372-0.008-0.0688-0.0104-0.096135.31480.236289.5793
30.6539-0.00040.21922.467-0.26832.18970.05110.08050.0784-0.0674-0.04810.0942-0.13970.1596-0.0030.0072-0.00520.0328-0.05170.0044-0.069637.135318.005589.1422
43.4125-1.62371.05472.8741-0.24142.14730.0630.1305-0.2221-0.2506-0.01540.2370.2373-0.0294-0.04760.07970.0669-0.0106-0.0908-0.0144-0.084718.669918.54555.5648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|32 - A|57 A|61 - A|128 }A32 - 57
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|32 - A|57 A|61 - A|128 }A61 - 128
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|32 - B|55 B|60 - B|129 }B32 - 55
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|32 - B|55 B|60 - B|129 }B60 - 129
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|26 - C|115 }C26 - 115
6X-RAY DIFFRACTION4{ D|27 - D|111 }D27 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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