+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n5r | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of endothelial nitric oxide synthase heme domain complexed with 4-(3-(2-(6-amino-4-methylpyridin-2-yl)ethyl)phenethyl)-6-methylpyridin-2-amine | ||||||
![]() | Nitric oxide synthase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / nitric oxide synthase / heme enzyme / substrate inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / mitochondrion organization / response to hormone / caveola / blood coagulation / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / calmodulin binding / heme binding / Golgi apparatus / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Delker, S.L. / Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Role of zinc in isoform-selective inhibitor binding to neuronal nitric oxide synthase . 著者: Delker, S.L. / Xue, F. / Li, H. / Jamal, J. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 292.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 228.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3n5pC ![]() 3n5qC ![]() 3n5sC ![]() 3n5tC ![]() 3n5vC ![]() 3n5wC ![]() 3n5xC ![]() 3n5yC ![]() 3n5zC ![]() 3n60C ![]() 3n61C ![]() 3n62C ![]() 3n63C ![]() 3n64C ![]() 3n65C ![]() 3n66C ![]() 3n67C ![]() 3n68C ![]() 3n69C ![]() 3n6aC ![]() 3n6bC ![]() 3n6cC ![]() 3n6dC ![]() 3n6eC ![]() 3n6fC ![]() 3n6gC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49710.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 8種, 124分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CAD.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/XFH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CAD.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/XFH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-ZN / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THEIR DENSITY SUPPORTS THAT THE RESIDUE IS ARG. |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 9-12% PEG 3350, 0.2M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 0.005M TCEP-HCl , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月29日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 31470 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 54.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14.56 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.61 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1571 / Rsym value: 0.598 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.271 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.57→44.12 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.57→2.637 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|