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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3n1w | ||||||
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Title | Human FPPS COMPLEX WITH FBS_02 | ||||||
![]() | FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE![]() | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() geranyl diphosphate biosynthetic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rondeau, J.-M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Allosteric non-bisphosphonate FPPS inhibitors identified by fragment-based discovery. Authors: Jahnke, W. / Rondeau, J.M. / Cotesta, S. / Marzinzik, A. / Pelle, X. / Geiser, M. / Strauss, A. / Gotte, M. / Bitsch, F. / Hemmig, R. / Henry, C. / Lehmann, S. / Glickman, J.F. / Roddy, T.P. ...Authors: Jahnke, W. / Rondeau, J.M. / Cotesta, S. / Marzinzik, A. / Pelle, X. / Geiser, M. / Strauss, A. / Gotte, M. / Bitsch, F. / Hemmig, R. / Henry, C. / Lehmann, S. / Glickman, J.F. / Roddy, T.P. / Stout, S.J. / Green, J.R. #1: ![]() Title: Structural basis for the exceptional in vivo efficacy of bisphosphonate drugs Authors: Rondeau, J.M. / Bitsch, F. / Bourgier, E. / Geiser, M. / Hemmig, R. / Kroemer, M. / Lehmann, S. / Ramage, P. / Rieffel, S. / Strauss, A. / Green, J.R. / Jahnke, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 85.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 63.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3n1vC ![]() 3n3lC ![]() 3n45C ![]() 3n46C ![]() 3n49C ![]() 3n5hC ![]() 3n5jC ![]() 3n6kC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 40183.855 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Residues 72-419 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P14324, ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-3N2 / ( |
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.16 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.3 Details: 1.2M sodium potassium phosphate, 25% glycerol, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARCCD165 / Detector: CCD / Date: May 7, 2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.56→40 Å / Num. obs: 15908 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 54.408 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 18.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Solvent model: FLAT MODEL / Bsol: 55.342 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.87 Å2 / Biso mean: 65.566 Å2 / Biso min: 21.53 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.56→39.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 32
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Xplor file |
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