PDB-3mcv: Structure of PTR1 from Trypanosoma brucei in ternary complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mcv

タイトル

Structure of PTR1 from Trypanosoma brucei in ternary complex with 2,4-diamino-5-[2-(2,5-dimethoxyphenyl)ethyl]thieno[2,3-d]-pyrimidine and NADP+

要素

Pteridine reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Pteridine reductase / antifolate

機能・相同性

機能・相同性情報

pteridine reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Tulloch, L.B. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: High-resolution structures of Trypanosoma brucei pteridine reductase ligand complexes inform on the placement of new molecular entities in the active site of a potential drug target.
著者: Dawson, A. / Tulloch, L.B. / Barrack, K.L. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2010年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mcv.cif.gz	223.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mcv.ent.gz	179.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mcv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/3mcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/3mcv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x9gC 2x9nC 2x9vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cmi-d 4cld-d 3jq6-d 6gey-d 3jq7-d 3jqf-d 3jqb-d 4cm3-d 6gdp-d 5jcj-d 6gcq-d 2yhi-d 2x9v-d 6gcp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pteridine reductase

B: Pteridine reductase

C: Pteridine reductase

D: Pteridine reductase

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.502, 89.819, 82.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pteridine reductase 分子量: 30669.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: PTR1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76290, pteridine reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-MCV / 5-[2-(2,5-dimethoxyphenyl)ethyl]thieno[2,3-d]pyrimidine-2,4-diamine / 5-(2,5-ジメトキシフェネチル)チエノ[2,3-d]ピリミジン-2,4-ジアミン分子量: 330.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈N₄O₂S
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.26 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.8 M sodium acetate, 50 mM sodium citrate, 1mM DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97857 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→40.761 Å / Num. all: 105672 / Num. obs: 105672 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.061 / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 19.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.79	5.5	0.308	2.4	83549	15226	0.308	97.4
1.79-1.9	5.5	0.224	3.4	79813	14383	0.224	97.7
1.9-2.03	5.6	0.142	5.3	76325	13635	0.142	98.1
2.03-2.19	5.7	0.095	7.8	72551	12757	0.095	98.5
2.19-2.4	5.8	0.07	10.1	67951	11776	0.07	98.8
2.4-2.69	5.8	0.062	10.9	61622	10654	0.062	99.1
2.69-3.1	5.8	0.048	12.4	54866	9486	0.048	99.3
3.1-3.8	5.8	0.034	15.1	46344	8024	0.034	99.6
3.8-5.38	5.8	0.025	20.4	36032	6253	0.025	99.7
5.38-44.9	5.6	0.028	16.7	19547	3478	0.028	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.21	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→38.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.169 / WR_factor R_work: 0.139 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.918 / SU B: 3.027 / SU ML: 0.052 / SU R Cruickshank DPI: 0.086 / SU R_free: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.167	5310	5 %	RANDOM
R_work	0.135	-	-	-
obs	0.137	105645	98.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.59 Å² / B_iso mean: 13.678 Å² / B_iso min: 2.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.31 Å²	0 Å²	-0.61 Å²
2-	-	1.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7453	0	300	793	8546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8082
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.454	2.007	11068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.935	3.002	12771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.689	5	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.109	24.441	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.603	15	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.323	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8962
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	5921
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	4021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	4057
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.263	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.18	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.174	4	6589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.531	4	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.471	6	8188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.555	8	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.728	10	2845

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	358	-
R_work	0.158	7335	-
all	-	7693	-
obs	-	-	97.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4174	-0.076	0.0185	0.3498	-0.0439	0.4535	-0.0036	0.0551	-0.015	-0.0208	-0.0041	-0.0178	0.0403	0.1115	0.0076	-0.0249	0.0147	0.005	-0.0105	0.0022	-0.0188	11.6123	-4.8718	9.4246
2	0.4405	-0.0702	0.0921	0.1525	-0.0028	0.5706	-0.007	0.0661	-0.0058	-0.0119	-0.0123	0.0182	-0.0063	-0.0342	0.0192	-0.0205	0.0016	-0.008	-0.027	-0.0025	-0.0164	-17.3228	3.3066	-1.2597
3	0.4191	0.0483	0.0201	0.2925	0.026	0.5113	-0.0155	-0.0944	0.0232	0.0294	0.0022	-0.0102	-0.0102	0.0377	0.0133	-0.0178	0.0022	-0.0041	-0.0126	-0.0045	-0.0274	1.3673	5.0619	37.8441
4	0.4643	-0.139	0.0252	0.2321	0.0477	0.5063	-0.0219	-0.0785	-0.0518	0.01	0.0047	0.038	0.0334	-0.1176	0.0172	-0.0322	-0.011	0.0118	-0.0021	0.0024	-0.0063	-27.6713	-3.3185	27.9934

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 268
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 268
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 268

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