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Yorodumi- PDB-3lix: crystal structure of htlv protease complexed with the inhibitor K... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lix | ||||||
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Title | crystal structure of htlv protease complexed with the inhibitor KNI-10729 | ||||||
Components | Protease | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Human T-lymphotropic virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Satoh, T. / Li, M. / Nguyen, J. / Kiso, Y. / Wlodawer, A. / Gustchina, A. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: Crystal structures of inhibitor complexes of human T-cell leukemia virus (HTLV-1) protease. Authors: Satoh, T. / Li, M. / Nguyen, J.T. / Kiso, Y. / Gustchina, A. / Wlodawer, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lix.cif.gz | 106.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3lix.ent.gz | 82.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lix.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/3lix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/3lix | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3linC 3liqC 3litC 3livC 3liyC 2b7fS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
| x 6|||||||||
Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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-Components
#1: Protein | Mass: 12566.579 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L40I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human T-lymphotropic virus 1 / Gene: prt / Plasmid: pHTLVdelta9 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2(DE3)pLysS / References: UniProt: Q82134 #2: Chemical | ChemComp-ZN / | #3: Chemical | ChemComp-E17 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.2 Details: 17%PEG8000 16% PEG300 0.01M BaCl 10mM DTT, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 30, 2008 |
Radiation | Monochromator: mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 7455 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.3 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 14.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 59.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2B7F Resolution: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 27.017 / SU ML: 0.284 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.407 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.229 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 875 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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