PDB-3lin: crystal structure of HTLV protease complexed with the inhibitor, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lin

タイトル

crystal structure of HTLV protease complexed with the inhibitor, KNI-10562

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Satoh, T. / Li, M. / Nguyen, J. / Kiso, Y. / Wlodawer, A. / Gustchina, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of inhibitor complexes of human T-cell leukemia virus (HTLV-1) protease.
著者: Satoh, T. / Li, M. / Nguyen, J.T. / Kiso, Y. / Gustchina, A. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2010年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3lin.ent.gz	469.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lin.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lin_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lin_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	3lin_validation.xml.gz	72.1 KB	表示
CIF形式データ	3lin_validation.cif.gz	94.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/3lin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/3lin	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3liqC 3litC 3livC 3lixC 3liyC 2b7fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3liy-1 4ydf-d 3liq-d 3liy-3 6ga4-d 3lix-d 5ax1-d 2b7f-3 2b7f-1 3liy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

C: Protease

D: Protease

E: Protease

F: Protease

G: Protease

H: Protease

I: Protease

J: Protease

K: Protease

L: Protease

ヘテロ分子

155 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Protease

D: Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Protease

F: Protease

ヘテロ分子

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25.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Protease

H: Protease

ヘテロ分子

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5

I: Protease

J: Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Protease

L: Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.360, 77.308, 159.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

詳細

Homodimer contain chain C and D and inhibitor N / Homodimer contains chain E and F and inhibitor O / Homodimer contains chain G and H and inhibitor P / Homodimer contains chain I and J and inhibitor Q / Homodimer contains chain K and L and inhibitor R

#1: タンパク質	Protease 分子量: 12566.579 Da / 分子数: 12 / 変異: L40I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス) 遺伝子: prt / プラスミド: pHTLVdelta9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q82134
#2: 化合物	ChemComp-E13 / N-[(2S,3S)-4-{(4R)-4-[(2,2-dimethylpropyl)carbamoyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-3-yl}-3-hydroxy-4-oxo-1-phenylbutan-2-yl]-N~2~-{(2S)-2-[(methoxycarbonyl)amino]-2-phenylacetyl}-3-methyl-L-valinamide / KNI-10562 タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 711.911 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₅₃N₅O₇S / 参照: KNI-10562
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 785 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 26% Pentaerythritol ethoxylate, 0.2M ZnSO4, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月31日
放射	モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 112737 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / R_sym value: 0.305 / % possible all: 79.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B7F

2b7f

解像度: 1.96→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 9.456 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26225	3393	3 %	RANDOM
R_work	0.21297	-	-	-
obs	0.21438	109344	96.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.448 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.18 Å²	0 Å²	-0.54 Å²
2-	-	-2.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10595	0	300	785	11680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	11353
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.785	2.036	15622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.714	5	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.615	24.468	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.773	15	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.947	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.022	8294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.433	2	7109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.213	3	11759
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.02	2	4244
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.118	3	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	851	medium positional	0.5	0.5
1	1	B	851	medium positional	0.46	0.5
1	1	C	851	medium positional	0.48	0.5
1	1	D	851	medium positional	0.42	0.5
1	1	E	851	medium positional	0.5	0.5
1	1	F	851	medium positional	0.41	0.5
1	1	G	851	medium positional	0.46	0.5
1	1	H	851	medium positional	0.4	0.5
1	1	I	851	medium positional	0.42	0.5
1	1	J	851	medium positional	0.33	0.5
1	1	K	851	medium positional	0.41	0.5
1	1	L	851	medium positional	0.33	0.5
2	2	C	851	medium positional	0.5	0.5
2	2	D	851	medium positional	0.38	0.5
2	2	B	851	medium positional	0.4	0.5
2	2	F	851	medium positional	0.35	0.5
2	2	G	851	medium positional	0.48	0.5
2	2	H	851	medium positional	0.35	0.5
2	2	I	851	medium positional	0.44	0.5
2	2	J	851	medium positional	0.36	0.5
2	2	K	851	medium positional	0.42	0.5
2	2	L	851	medium positional	0.42	0.5
3	3	E	851	medium positional	0.52	0.5
3	3	F	851	medium positional	0.37	0.5
3	3	B	851	medium positional	0.41	0.5
3	3	D	851	medium positional	0.37	0.5
3	3	G	851	medium positional	0.48	0.5
3	3	H	851	medium positional	0.35	0.5
3	3	I	851	medium positional	0.45	0.5
3	3	J	851	medium positional	0.37	0.5
3	3	K	851	medium positional	0.38	0.5
4	4	G	851	medium positional	0.51	0.5
4	4	H	851	medium positional	0.3	0.5
4	4	B	851	medium positional	0.39	0.5
4	4	D	851	medium positional	0.35	0.5
4	4	F	851	medium positional	0.35	0.5
4	4	H	851	medium positional	0.3	0.5
4	4	I	851	medium positional	0.47	0.5
4	4	J	851	medium positional	0.35	0.5
4	4	K	851	medium positional	0.43	0.5
5	5	I	851	medium positional	0.51	0.5
5	5	J	851	medium positional	0.33	0.5
5	5	B	851	medium positional	0.35	0.5
5	5	D	851	medium positional	0.33	0.5
5	5	F	851	medium positional	0.32	0.5
5	5	H	851	medium positional	0.28	0.5
5	5	L	851	medium positional	0.36	0.5
6	6	K	864	medium positional	0.47	0.5
6	6	L	864	medium positional	0.36	0.5
6	6	B	864	medium positional	0.36	0.5
6	6	D	864	medium positional	0.32	0.5
6	6	F	864	medium positional	0.34	0.5
6	6	H	864	medium positional	0.28	0.5
6	6	J	864	medium positional	0.34	0.5
1	1	A	851	medium thermal	1.66	2
1	1	B	851	medium thermal	0.74	2
1	1	C	851	medium thermal	1.09	2
1	1	D	851	medium thermal	0.67	2
1	1	E	851	medium thermal	1.34	2
1	1	F	851	medium thermal	0.63	2
1	1	G	851	medium thermal	0.63	2
1	1	H	851	medium thermal	0.65	2
1	1	I	851	medium thermal	0.7	2
1	1	J	851	medium thermal	0.42	2
1	1	K	851	medium thermal	0.63	2
1	1	L	851	medium thermal	0.42	2
2	2	C	851	medium thermal	1.17	2
2	2	D	851	medium thermal	0.57	2
2	2	B	851	medium thermal	0.57	2
2	2	F	851	medium thermal	0.5	2
2	2	G	851	medium thermal	0.71	2
2	2	H	851	medium thermal	0.52	2
2	2	I	851	medium thermal	0.75	2
2	2	J	851	medium thermal	0.5	2
2	2	K	851	medium thermal	0.53	2
2	2	L	851	medium thermal	1.01	2
3	3	E	851	medium thermal	1.33	2
3	3	F	851	medium thermal	0.54	2
3	3	B	851	medium thermal	0.63	2
3	3	D	851	medium thermal	0.57	2
3	3	G	851	medium thermal	0.69	2
3	3	H	851	medium thermal	0.54	2
3	3	I	851	medium thermal	0.67	2
3	3	J	851	medium thermal	0.56	2
3	3	K	851	medium thermal	0.52	2
4	4	G	851	medium thermal	0.73	2
4	4	H	851	medium thermal	0.43	2
4	4	B	851	medium thermal	0.56	2
4	4	D	851	medium thermal	0.52	2
4	4	F	851	medium thermal	0.49	2
4	4	H	851	medium thermal	0.43	2
4	4	I	851	medium thermal	0.73	2
4	4	J	851	medium thermal	0.49	2
4	4	K	851	medium thermal	0.55	2
5	5	I	851	medium thermal	0.8	2
5	5	J	851	medium thermal	0.48	2
5	5	B	851	medium thermal	0.47	2
5	5	D	851	medium thermal	0.52	2
5	5	F	851	medium thermal	0.45	2
5	5	H	851	medium thermal	0.46	2
5	5	L	851	medium thermal	0.88	2
6	6	K	864	medium thermal	0.67	2
6	6	L	864	medium thermal	0.9	2
6	6	B	864	medium thermal	0.49	2
6	6	D	864	medium thermal	0.54	2
6	6	F	864	medium thermal	0.46	2
6	6	H	864	medium thermal	0.51	2
6	6	J	864	medium thermal	0.5	2

LS精密化シェル

解像度: 1.962→2.013 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	230	-
R_work	0.248	6167	-
obs	-	-	74.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3662	1.0411	-0.4868	1.8393	-0.1819	0.2767	0.0537	0.2173	-0.052	0.0029	-0.0743	0.1797	-0.0063	-0.0436	0.0206	0.0959	0.0292	-0.0022	0.1344	-0.0394	0.0623	26.5052	6.9256	58.5192
2	1.441	0.8889	0.239	3.6243	0.5711	0.5251	-0.1115	0.0452	0.0919	-0.01	0.087	-0.1852	-0.0105	0.0123	0.0245	0.0917	-0.0066	-0.0208	0.1167	0.0175	0.0333	-6.997	26.0585	58.5415
3	2.6586	-1.1322	0.0981	2.1409	0.3288	0.2849	0.0148	-0.0504	0.1787	-0.0723	-0.0333	0.0663	-0.0555	-0.0465	0.0185	0.1185	0.003	0.0194	0.1034	0.0115	0.0331	26.326	44.9637	58.3875
4	3.3183	-0.3707	-0.4692	1.3883	0.1458	0.3565	0.0554	-0.0799	0.0719	-0.0591	-0.0905	-0.189	-0.0232	0.011	0.0351	0.0992	-0.0081	0.0112	0.1184	0.047	0.0522	33.754	33.218	20.698
5	1.4613	-0.6075	-0.095	3.6124	0.0192	0.2938	-0.0793	-0.0231	-0.108	0.0073	0.0738	-0.0118	0.0372	0.0221	0.0056	0.0974	0.0192	-0.001	0.119	0.004	0.0097	66.7334	52.5306	20.8565
6	3.4004	1.8912	0.392	2.9886	0.121	0.2551	0.0874	-0.0335	-0.1486	0.2556	-0.0807	-0.0082	0.0229	0.0146	-0.0067	0.1366	0.0094	0.0394	0.091	-0.0034	0.037	33.8035	71.5457	20.7659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	2	C	1 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	2	D	1 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	3	E	1 - 116
6	X-RAY DIFFRACTION	3	F	1 - 116
7	X-RAY DIFFRACTION	4	G	1 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	4	H	1 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	5	I	1 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	5	J	1 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	6	K	1 - 116
12	X-RAY DIFFRACTION	6	L	1 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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