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万見
- PDB-3lc3: Benzothiophene Inhibitors of Factor IXa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lc3
タイトルBenzothiophene Inhibitors of Factor IXa
要素(Coagulation factor IX) x 2
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Protein-Inhibitor complex / Peptidase S1 / Blood coagulation / Calcium / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Disulfide bond / EGF-like domain / Gamma-carboxyglutamic acid / Glycoprotein / Hemophilia / Hydrolase / Hydroxylation / Pharmaceutical / Phosphoprotein / Polymorphism / Protease / Secreted / Serine protease / Sulfation / Zymogen / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F9 secretion / coagulation factor IXa / Defective gamma-carboxylation of F9 / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation ...Defective F9 secretion / coagulation factor IXa / Defective gamma-carboxylation of F9 / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Golgi lumen / blood coagulation / : / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IYX / Coagulation factor IX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, S. / Beck, R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Studies of Benzothiophene Template as Potent Factor IXa (FIXa) Inhibitors in Thrombosis.
著者: Wang, S. / Beck, R. / Blench, T. / Burd, A. / Buxton, S. / Malic, M. / Ayele, T. / Shaikh, S. / Chahwala, S. / Chander, C. / Holland, R. / Merette, S. / Zhao, L. / Blackney, M. / Watts, A.
履歴
登録2010年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor IX
B: Coagulation factor IX
C: Coagulation factor IX
D: Coagulation factor IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,23210
ポリマ－64,8944
非ポリマー1,3386
水7,566420
1
A: Coagulation factor IX
B: Coagulation factor IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1165
ポリマ－32,4472
非ポリマー6693
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
2
C: Coagulation factor IX
D: Coagulation factor IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1165
ポリマ－32,4472
非ポリマー6693
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.922, 96.035, 44.391
Angle α, β, γ (deg.)90, 89.930, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor IX / Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC / Coagulation factor IXa light chain / ...Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC / Coagulation factor IXa light chain / Coagulation factor IXa heavy chain


分子量: 26190.818 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 227-461 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00740, coagulation factor IXa
#2: タンパク質 Coagulation factor IX / Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC / Coagulation factor IXa light chain / ...Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC / Coagulation factor IXa light chain / Coagulation factor IXa heavy chain


分子量: 6256.135 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 133-188 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00740, coagulation factor IXa
#3: 化合物
ChemComp-IYX / 1-[5-(3,4-dimethoxyphenyl)-1-benzothiophen-2-yl]methanediamine


分子量: 314.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N2O2S
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→67.42 Å / Num. obs: 43359 / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6276 / % possible all: 96.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→67.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 3.844 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1754 4 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 41605 98.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.63 Å2 / Biso mean: 31.421 Å2 / Biso min: 14.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20.02 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→67.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4548 0 90 420 5058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0214756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.9526452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83639714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.945580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.50924.231208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9615788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4391524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.24440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.22324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22803
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0290.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0670.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1760.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1110.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9961.52978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2031.51210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59824664
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06432120
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0074.51788
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 137 -
Rwork0.208 3016 -
all-3153 -
obs--96.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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