ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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PHENIX | 1.5_2精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.005 | データ抽出 | | DNA | | データ収集 | | XDS | | データ削減 | | XSCALE | | データスケーリング | | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1Y26 解像度: 1.7→26.08 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.87 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.202 | 1247 | 5.3 % | Random |
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Rwork | 0.18 | - | - | - |
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obs | 0.181 | 23538 | 98.01 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.361 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 83.59 Å2 / Biso mean: 24.817 Å2 / Biso min: 8.03 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.135 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -2.907 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 0.771 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.08 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 1503 | 18 | 382 | 1903 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 1686 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.229 | 2620 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.059 | 355 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 72 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d19.805 | 707 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.7-1.768 | 0.214 | 109 | 0.197 | 2082 | 2191 | 84 | 1.768-1.849 | 0.243 | 131 | 0.191 | 2457 | 2588 | 100 | 1.849-1.946 | 0.235 | 153 | 0.196 | 2476 | 2629 | 100 | 1.946-2.068 | 0.258 | 152 | 0.189 | 2464 | 2616 | 100 | 2.068-2.228 | 0.24 | 143 | 0.192 | 2506 | 2649 | 100 | 2.228-2.452 | 0.257 | 132 | 0.196 | 2514 | 2646 | 100 | 2.452-2.806 | 0.207 | 136 | 0.201 | 2541 | 2677 | 100 | 2.806-3.534 | 0.165 | 149 | 0.156 | 2561 | 2710 | 100 | 3.534-26.083 | 0.157 | 142 | 0.16 | 2690 | 2832 | 99 |
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