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- PDB-3la5: X-ray crystal structure of mc6 RNA Riboswitch bound to azacytosine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3la5
タイトルX-ray crystal structure of mc6 RNA Riboswitch bound to azacytosine
要素Adenosine RIboswitch
キーワードRNA / Riboswitch / gene regulation / synthetic biology
機能・相同性6-amino-1,3,5-triazin-2(1H)-one / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / Leys, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Reengineering orthogonally selective riboswitches
著者: Dixon, N. / Duncan, J.N. / Geerlings, T. / Dunstan, M.S. / McCarthy, J.E.G. / Leys, D. / Micklefield, J.
履歴
登録2010年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine RIboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,05612
ポリマ－22,7001
非ポリマー35511
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.845, 125.105, 24.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 Adenosine RIboswitch


分子量: 22700.432 Da / 分子数: 1 / 変異: U47C, U51C, U74C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro expression / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-5AZ / 6-amino-1,3,5-triazin-2(1H)-one / 5-Azacytosine


分子量: 112.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細U OF 47TH, 51TH AND 74TH WERE ENGINEERED TO C.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 3M 1,6-hexanediol, 0.1M Tris-HCl (pH 9.0), 200mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→26.083 Å / Num. all: 24047 / Num. obs: 23579 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 15.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 16.88
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 5.25 / Num. unique all: 3073 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 80.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y26

1y26


解像度: 1.7→26.08 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.87 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 1247 5.3 %Random
Rwork0.18 ---
obs0.181 23538 98.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.361 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 83.59 Å2 / Biso mean: 24.817 Å2 / Biso min: 8.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.135 Å2-0 Å20 Å2
2---2.907 Å2-0 Å2
3---0.771 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1503 18 382 1903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051686
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2292620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.805707
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.7680.2141090.1972082219184
1.768-1.8490.2431310.19124572588100
1.849-1.9460.2351530.19624762629100
1.946-2.0680.2581520.18924642616100
2.068-2.2280.241430.19225062649100
2.228-2.4520.2571320.19625142646100
2.452-2.8060.2071360.20125412677100
2.806-3.5340.1651490.15625612710100
3.534-26.0830.1571420.162690283299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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