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- PDB-3l08: Structure of Pi3K gamma with a potent inhibitor: GSK2126458 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l08
タイトルStructure of Pi3K gamma with a potent inhibitor: GSK2126458
要素Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
キーワードTRANSFERASE / Pi3K gamma / lipid kinase / phosphoinositide / inhibitor / GSK2126458 / signaling / kinase / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis ...secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / T cell activation / ephrin receptor binding / positive regulation of endothelial cell migration / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / platelet aggregation / endocytosis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / kinase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZIG / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Elkins, P.A. / Marrero, E.M.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2010
タイトル: Discovery of GSK2126458, a Highly Potent Inhibitor of PI3K and the Mammalian Target of Rapamycin.
著者: Knight, S.D. / Adams, N.D. / Burgess, J.L. / Chaudhari, A.M. / Darcy, M.G. / Donatelli, C.A. / Luengo, J.I. / Newlander, K.A. / Parrish, C.A. / Ridgers, L.H. / Sarpong, M.A. / Schmidt, S.J. / ...著者: Knight, S.D. / Adams, N.D. / Burgess, J.L. / Chaudhari, A.M. / Darcy, M.G. / Donatelli, C.A. / Luengo, J.I. / Newlander, K.A. / Parrish, C.A. / Ridgers, L.H. / Sarpong, M.A. / Schmidt, S.J. / Van Aller, G.S. / Carson, J.D. / Diamond, M.A. / Elkins, P.A. / Gardiner, C.M. / Garver, E. / Gilbert, S.A. / Gontarek, R.R. / Jackson, J.R. / Kershner, K.L. / Luo, L. / Raha, K. / Sherk, C.S. / Sung, C.M. / Sutton, D. / Tummino, P.J. / Wegrzyn, R.J. / Auger, K.R. / Dhanak, D.
履歴
登録2009年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4254
ポリマ－110,7271
非ポリマー6983
水1,02757
1
A: Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
ヘテロ分子

A: Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,8498
ポリマ－221,4542
非ポリマー1,3956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2000 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area71750 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.617, 68.410, 107.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform / PI3-kinase p110 subunit gamma / PtdIns-3-kinase subunit p110 / PI3Kgamma / PI3K / p120-PI3K


分子量: 110727.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ZIG / 2,4-difluoro-N-[2-methoxy-5-(4-pyridazin-4-ylquinolin-6-yl)pyridin-3-yl]benzenesulfonamide


分子量: 505.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H17F2N5O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein was at 7.9mg/ml in 20mM Tris pH 7.2, 50mM ammonium sulfate, 1% ethylene glycol, 1% betaine, 0.02% CHAPS, 5mM DTT with 1mM inhbitor reacted overnight at 4C. 2 microliter protein ...詳細: Protein was at 7.9mg/ml in 20mM Tris pH 7.2, 50mM ammonium sulfate, 1% ethylene glycol, 1% betaine, 0.02% CHAPS, 5mM DTT with 1mM inhbitor reacted overnight at 4C. 2 microliter protein solution plus 2 microliters well in sitting drops. Well consisted of 20% PEG 3350, 0.1M Tris pH 8.0, 3% 1,6 hexanediol, 0.2M ammonium sulfate. Crystals grew from dilution seeding from apo seeds. Cryo was 25% ethylene glycol mixed with the well, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 29208 / Num. obs: 28636 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Biso Wilson estimate: 75 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.4_87)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Proprietary pi3K gamma structure

解像度: 2.7→41.215 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2614 1396 4.88 %random
Rwork0.1976 ---
obs0.2008 28588 97.88 %-
all-29208 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.668 Å2 / ksol: 0.276 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.215 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6711 0 46 57 6814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7319375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3352550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.79650.32691130.26012295X-RAY DIFFRACTION84
2.7965-2.90840.3071500.23412643X-RAY DIFFRACTION97
2.9084-3.04080.32321270.2212748X-RAY DIFFRACTION100
3.0408-3.2010.28971420.22082788X-RAY DIFFRACTION100
3.201-3.40150.26831220.19772794X-RAY DIFFRACTION100
3.4015-3.6640.26461550.17612731X-RAY DIFFRACTION100
3.664-4.03240.23591410.16662799X-RAY DIFFRACTION100
4.0324-4.61520.21371450.14482749X-RAY DIFFRACTION100
4.6152-5.81210.22981530.16522804X-RAY DIFFRACTION100
5.8121-41.22020.2571480.21672841X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29520.1469-0.06830.2798-0.010.27560.02380.7787-0.3380.13230.3649-0.03560.17080.16870.01740.30420.1756-0.09030.4374-0.19520.338537.374-19.055612.4256
20.5227-0.15040.11730.2163-0.38320.38280.2573-0.1933-0.4910.26010.14080.71970.1681-0.46720.08270.31110.10730.2760.52870.30010.739911.6909-9.875737.6998
30.2776-0.03870.00830.18040.17320.22390.15560.3097-0.1293-0.3101-0.0961-0.09960.06080.68650.00460.28980.20720.1080.7529-0.01470.207164.7916-6.514414.9306
40.03610.0674-0.02830.04810.05210.0589-0.27190.6535-0.17850.15870.07690.07770.43160.151100.51840.17250.14210.6542-0.01410.285756.1167-7.792415.0782
50.989-0.3356-0.08810.45020.19981.32180.20480.1283-0.1439-0.04250.02440.09780.0980.36210.30770.20120.0997-0.0490.16470.04990.142147.3474-9.355535.3328
60.2889-0.03260.01790.1408-0.0480.0933-0.02780.5191-0.1605-0.02020.09360.2631-0.151-0.1694-0.03130.32160.2132-0.07120.54440.13270.386917.65055.1312.5157
7-0.002-0.00930.00950.0283-0.01130.00990.04790.1073-0.00220.0998-0.03740.0611-0.02390.0308-0.00550.34190.3193-0.0220.37060.10980.337727.51765.624918.9157
80.1388-0.00840.08380.04560.00650.04710.13080.20430.01890.57510.13970.3726-0.11280.00880.02250.49830.2490.07740.23350.21670.251230.61576.165135.1456
90.47240.33440.07460.83660.46390.05010.4347-0.25040.35540.8287-0.11150.1934-1.0830.85450.15920.51180.46550.2566-0.4280.16340.296931.13920.14137.1484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 144:190
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 191:321
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 350:488
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 495:533
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 544:725
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 726:836
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resid 867:881
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resid 837:866
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and resid 882:1090

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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