THE RESIDUE AT POSITION 190 CHAIN B, IS A NATURAL VARIANT, AS LISTED IN UNP ENTRY P42574
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8 詳細: Inhibitor (2 microliters of a 100 mM DMSO stock) added to 100 microliters of protein (6.5 mg/mL) in 20 mM Tris, 10 mM DTT pH 8.0. Drops contained equal volumes of protein and well solution ...詳細: Inhibitor (2 microliters of a 100 mM DMSO stock) added to 100 microliters of protein (6.5 mg/mL) in 20 mM Tris, 10 mM DTT pH 8.0. Drops contained equal volumes of protein and well solution (16% ethanol, 0.1 M Tris pH 7.8), VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
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データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器
タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射
モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2→20 Å / Num. all: 20643 / Num. obs: 16700 / % possible obs: 89.2 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2
反射 シェル
解像度: 2→2.05 Å / % possible all: 60.2
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
HKL-2000
データ収集
AMoRE
位相決定
REFMAC
5.5.0102
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→18.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 7.26 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.20649
1822
9.8 %
RANDOM
Rwork
0.18068
-
-
-
all
0.18322
20643
-
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obs
0.18322
16700
89.2 %
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溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 15.373 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-2.75 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-0.85 Å2
0 Å2
3-
-
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3.6 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2→18.71 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
1940
0
43
152
2135
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.009
0.022
2035
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_other_d
0.001
0.02
1390
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.347
1.975
2739
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_other_deg
0.841
3.001
3363
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
6.037
5
242
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
33.981
23.505
97
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
13.216
15
361
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
16.573
15
15
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.08
0.2
292
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.005
0.02
2268
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_other
0.001
0.02
432
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
0.426
1.5
1203
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_other
0.094
1.5
492
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
0.799
2
1939
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
1.351
3
832
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
2.117
4.5
799
LS精密化 シェル
解像度: 2→2.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.237
78
-
Rwork
0.238
822
-
obs
-
-
60.24 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: 10.1825 Å / Origin y: 6.8699 Å / Origin z: 2.3314 Å