PDB-3kdh: Structure of ligand-free PYL2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kdh

タイトル

Structure of ligand-free PYL2

要素

Putative uncharacterized protein At2g26040

キーワード

HORMONE RECEPTOR / PYL2

機能・相同性

機能・相同性情報

protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.653 Å

データ登録者

Yin, P. / Fan, H. / Hao, Q. / Yuan, X. / Yan, N.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural insights into the mechanism of abscisic acid signaling by PYL proteins
著者: Yin, P. / Fan, H. / Hao, Q. / Yuan, X. / Wu, D. / Pang, Y. / Yan, C. / Li, W. / Wang, J. / Yan, N.

履歴

登録	2009年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kdh.cif.gz	257.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kdh.ent.gz	208.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kdh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kdh_validation.pdf.gz	444 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kdh_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	3kdh_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	3kdh_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kdh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kdh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3kdiC 3kdjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nmp-1 3nmh-1 3nr4-2 3kaz-2 3ns2-2 6k9g-2 5uno-d 6vah-d 5hft-2 3nmp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein At2g26040

B: Putative uncharacterized protein At2g26040

C: Putative uncharacterized protein At2g26040

63.9 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Putative uncharacterized protein At2g26040

B: Putative uncharacterized protein At2g26040

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative uncharacterized protein At2g26040

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.486, 105.483, 187.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-239- HOH
2	1	C-244- HOH
3	1	C-488- HOH
4	1	C-939- HOH
5	1	C-971- HOH
6	1	C-995- HOH

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein At2g26040 / PYL2 分子量: 21309.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O80992
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1M sodium citrate tribasic, 100mM Tris, pH8.5, 79mM MEGA-8 (Octanoyl-N-methylglucamide), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.653→30.82 Å / Num. obs: 73929 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 17.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 32.76
反射シェル	解像度: 1.653→1.71 Å / R_merge(I) obs: 0.211 / Mean I/σ(I) obs: 6.54 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BSS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.653→30.82 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / FOM work R set: 0.876 / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: TLS / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 19.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2074	3480	4.82 %	Thin Shell
R_work	0.1746	68735	-	-
obs	0.1762	72215	96.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.664 Å² / k_sol: 0.319 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.6 Å² / B_iso mean: 26.027 Å² / B_iso min: 5.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.279 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.541 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.739 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.653→30.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4589	0	0	1022	5611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4725
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.03	6477
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	759
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	845
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.445	1815

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6527-1.6754	0	0	0.184	2702	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6754-1.6993	0.2213	287	0.1791	2518	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6993-1.7247	0	0	0.171	2773	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7247-1.7516	0.2175	264	0.1727	2590	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7516-1.7803	0	0	0.1792	2797	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7803-1.811	0.225	280	0.1842	2579	X-RAY DIFFRACTION	96
1.811-1.844	0	0	0.1777	2844	X-RAY DIFFRACTION	96
1.844-1.8794	0.2208	254	0.1689	2589	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8794-1.9178	0	0	0.1698	2854	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9178-1.9595	0.1934	248	0.1602	2547	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9595-2.005	0.1993	219	0.1605	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
2.005-2.0552	0	0	0.1634	2937	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0552-2.1107	0.2011	217	0.1671	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1107-2.1728	0	0	0.1669	2925	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1728-2.2429	0.2237	216	0.1679	2654	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2429-2.3231	0.2127	218	0.1749	2610	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3231-2.416	0	0	0.1726	2943	X-RAY DIFFRACTION	99
2.416-2.526	0.2236	215	0.177	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
2.526-2.6591	0.2249	174	0.184	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6591-2.8256	0.2109	191	0.1823	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8256-3.0435	0.1852	168	0.1787	2802	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0435-3.3495	0.1732	153	0.166	2825	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3495-3.8334	0.1964	128	0.1592	2814	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8334-4.8267	0.1684	117	0.1471	2848	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8267-30.8253	0.2272	131	0.1909	2851	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8199	0.0181	-0.3101	1.0688	0.2062	0.805	0.065	0.0484	0.1098	-0.0409	0.0033	0.0793	-0.0148	-0.0458	-0.0621	0.0744	-0.0008	0.0217	0.0131	0.0016	0.0106	-31.3854	-1.7103	21.142
2	1.2573	-0.0603	-0.0984	0.9089	0.1707	0.6838	0.0207	-0.0229	-0.0907	0.0595	0.0403	-0.0422	-0.0315	0.0492	-0.0576	0.0764	0.0063	-0.0164	0.0808	-0.0178	0.0465	-18.8938	-25.1054	9.9533
3	0.9674	0.3655	-0.0606	1.0637	0.4037	0.8114	0.0329	-0.0791	-0.0453	0.098	0.046	-0.1809	0.0347	0.0036	-0.0808	0.1307	-0.0211	0.0059	0.0927	-0.0262	0.0775	-49.3027	-26.6916	41.19

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and not water	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and not water	B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and not water	C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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