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- PDB-3ka0: MK2 complex with inhibitor 6-(5-(2-aminopyrimidin-4-ylamino)-2-hy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ka0
タイトルMK2 complex with inhibitor 6-(5-(2-aminopyrimidin-4-ylamino)-2-hydroxyphenyl)-N-methylbenzo[b]thiophene-2-carboxamide
要素MAP kinase-activated protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / MAPKAP-K2 / MK2 / TNFalpha / diaminopyrimidine / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of interleukin-6 production / mitogen-activated protein kinase binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / p38MAPK cascade / inner ear development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of cellular response to heat / p38MAPK events / response to cytokine / regulation of mRNA stability / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of TNFR1 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / MAPK cascade / Oxidative Stress Induced Senescence / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / ciliary basal body / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / centrosome / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MK3 / MAP kinase-activated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Argiriadi, M.A. / Talanian, R.V. / Borhani, D.W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: 2,4-Diaminopyrimidine MK2 inhibitors. Part I: Observation of an unexpected inhibitor binding mode.
著者: Argiriadi, M.A. / Ericsson, A.M. / Harris, C.M. / Banach, D.L. / Borhani, D.W. / Calderwood, D.J. / Demers, M.D. / Dimauro, J. / Dixon, R.W. / Hardman, J. / Kwak, S. / Li, B. / Mankovich, J.A. ...著者: Argiriadi, M.A. / Ericsson, A.M. / Harris, C.M. / Banach, D.L. / Borhani, D.W. / Calderwood, D.J. / Demers, M.D. / Dimauro, J. / Dixon, R.W. / Hardman, J. / Kwak, S. / Li, B. / Mankovich, J.A. / Marcotte, D. / Mullen, K.D. / Ni, B. / Pietras, M. / Sadhukhan, R. / Sousa, S. / Tomlinson, M.J. / Wang, L. / Xiang, T. / Talanian, R.V.
履歴
登録2009年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3772
ポリマ－36,9881
非ポリマー3891
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)253.508, 253.508, 253.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132

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要素

#1: タンパク質 MAP kinase-activated protein kinase 2 / MAPK-activated protein kinase 2 / MAPKAP kinase 2 / MAPKAPK-2 / MK2


分子量: 36987.707 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase Domain / 変異: T222E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MK3 / 6-{5-[(2-aminopyrimidin-4-yl)amino]-2-hydroxyphenyl}-N-methylidene-1-benzothiophene-2-carboxamide / 6-(5-(2-aminopyrimidin-4-ylamino)-2-hydroxyphenyl)-N-methylbenzo[b]thiophene-2-carboxamide


分子量: 389.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H15N5O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2M Sodium Malonate pH 5.5 Anapoe 80 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月15日
放射モノクロメーター: Osmic optics (Rigaku USA) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 16005 / Num. obs: 15117 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.2 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.71 / Rsym value: 0.574

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 24.975 / SU ML: 0.226 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 796 5 %RANDOM
Rwork0.22974 ---
obs0.23157 15103 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.424 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2277 0 28 1 2306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222351
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.9833164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4165275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.10123.905105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.00315457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1971517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.21064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.21609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.271
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0410.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0311.51424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23122258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32131055
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3544.5906
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 46 -
Rwork0.267 1068 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 230.025 Å / Origin y: 84.401 Å / Origin z: 192.524 Å
111213212223313233
T-0.1745 Å2-0.0381 Å20.0464 Å2-0.0667 Å20.0614 Å2---0.0366 Å2
L1.0254 °20.0085 °20.1055 °2-1.5513 °20.5181 °2--7.9386 °2
S-0.1129 Å °-0.055 Å °0.0509 Å °-0.0222 Å °0.0326 Å °-0.2669 Å °0.1032 Å °0.953 Å °0.0803 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 138
2X-RAY DIFFRACTION1A139 - 364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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