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- PDB-3k2r: Crystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant K65V1/R76V1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k2r
タイトルCrystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant K65V1/R76V1
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / NITROXIDE SPIN LABEL / EPR / MODIFIED CYSTEINE / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / : / Chem-V1A / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Toledo Warshaviak, D. / Cascio, D. / Khramtsov, V.V. / Hubbell, W.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant K65V1/R76V1
著者: Toledo Warshaviak, D. / Cascio, D. / Khramtsov, V.V. / Hubbell, W.L.
履歴
登録2009年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月29日Group: Other
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3978
ポリマ－18,5481
非ポリマー8497
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.547, 59.547, 95.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 18548.273 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T,K65C,R76C,C97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: E, Lysozyme / プラスミド: pHSe5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 156分子

#2: 化合物 ChemComp-V1A / S-(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-imidazol-4-yl) methanesulfonothioate


分子量: 251.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15N2O3S2
#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.2M dibasic potassium phosphate and monobasic sodium phosphate, 0.15M sodium chloride, 100mM 1,6 hexanediol, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月4日 / 詳細: CONFOCAL MIRRORS (BLUE OPTICS)
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS (BLUE OPTICS) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→80 Å / Num. obs: 30957 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.074 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique all: 2395 / Χ2: 0.897 / % possible all: 76.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LZM

3lzm


解像度: 1.5→25.248 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.885 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1562 5.05 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 30920 96.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.933 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 62.13 Å2 / Biso mean: 19.139 Å2 / Biso min: 11.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.349 Å20 Å2-0 Å2
2--1.349 Å2-0 Å2
3----3.717 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1284 0 41 149 1474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.161847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.042231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.148561
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.5490.2551190.242012213175
1.549-1.6040.2521420.1952499264192
1.604-1.6680.1921500.17226882838100
1.668-1.7440.1931250.15327352860100
1.744-1.8360.1981410.16127322873100
1.836-1.9510.191370.16927502887100
1.951-2.1020.2011460.16427392885100
2.102-2.3130.21540.15927522906100
2.313-2.6470.181480.18127522900100
2.647-3.3340.2061480.19927982946100
3.334-25.2520.2031520.1922901305399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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