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- PDB-3iw5: Human p38 MAP Kinase in Complex with an Indole Derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iw5
タイトルHuman p38 MAP Kinase in Complex with an Indole Derivative
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / DFG-out / Type-I / Alternative splicing / ATP-binding / Cytoplasm / Kinase / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation ...positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / DSCAM interactions / cellular response to UV-B / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of muscle cell differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Myogenesis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / MAP kinase kinase activity / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / cellular response to ionizing radiation / stem cell differentiation / positive regulation of glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / bone development / response to insulin / placenta development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / platelet activation / cellular response to virus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / glucose metabolic process / chemotaxis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular senescence / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / Oxidative Stress Induced Senescence / secretory granule lumen / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DF3 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gruetter, C. / Simard, J.R. / Rauh, D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: High-Throughput Screening To Identify Inhibitors Which Stabilize Inactive Kinase Conformations in p38alpha
著者: Simard, J.R. / Gruetter, C. / Pawar, V. / Aust, B. / Wolf, A. / Rabiller, M. / Wulfert, S. / Robubi, A. / Kluter, S. / Ottmann, C. / Rauh, D.
履歴
登録2009年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3754
ポリマ－41,2351
非ポリマー1,1403
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.070, 70.050, 74.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / p38 MAP Kinase / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine ...p38 MAP Kinase / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAX-interacting protein 2 / MAP kinase MXI2 / SAPK2A


分子量: 41234.973 Da / 分子数: 1 / 変異: C119S, C162S, A172C, F327L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2 / プラスミド: pGEX 6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-DF3 / N-[2-(3-{[2-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-ylamino)-2-oxoethyl]sulfanyl}-1H-indol-1-yl)ethyl]-3-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 555.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H24F3N3O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES, 20-30% PEG 4000, 50mM n-BOG, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月27日 / 詳細: Osmic
放射モノクロメーター: Multilayer Optik / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 12937 / Num. obs: 12902 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.95 % / Biso Wilson estimate: 28.837 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 15.05
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.95 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. measured obs: 5558 / Num. unique all: 1410 / Num. unique obs: 1406 / % possible all: 99.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO / Packing: 0
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å34.53 Å
Translation2.5 Å34.53 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1zyj

1zyj


解像度: 2.5→34.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / WRfactor Rfree: 0.258 / WRfactor Rwork: 0.182 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.783 / SU B: 10.83 / SU ML: 0.248 / SU R Cruickshank DPI: 1.156 / SU Rfree: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.156 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 903 7 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.211 12901 100 %-
all-12937 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.96 Å2 / Biso mean: 21.595 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2709 0 79 63 2851
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8392.0013874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4875333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.83323.953129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.39815484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1581518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.21323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.21932
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9321.51718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61922728
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43331289
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7974.51146
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 65 -
Rwork0.205 873 -
all-938 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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