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- PDB-3ial: Giardia lamblia Prolyl-tRNA synthetase in complex with prolyl-ade... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ial
タイトルGiardia lamblia Prolyl-tRNA synthetase in complex with prolyl-adenylate
要素Prolyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / tRNA ligase / AARS / ProRS / CysRS / Pro(Cys)RS / translation / ATP-binding / nucleotide-binding / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protazoa / MSGPP / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa
機能・相同性
機能・相同性情報


proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain ...C-terminal domain of ProRS / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PR8 / proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of the prolyl-tRNA synthetase from the eukaryotic pathogen Giardia lamblia.
著者: Larson, E.T. / Kim, J.E. / Napuli, A.J. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Zucker, F.H. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Hol, W.G. / Merritt, E.A.
履歴
登録2009年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年11月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl-tRNA synthetase
B: Prolyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,46110
ポリマ－117,0202
非ポリマー1,4418
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area39690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.338, 87.624, 142.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Prolyl-tRNA synthetase


分子量: 58509.992 Da / 分子数: 2 / 断片: ProRS (amino acids 34-542) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 1-33 were replaced with a non-cleavable His tag during cloning
由来: (組換発現) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
遺伝子: GL50803_15983, ProRS / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8BR89, proline-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-PR8 / 5'-O-[(R)-hydroxy{[(2S)-pyrrolidin-2-ylcarbonyl]oxy}phosphoryl]adenosine / prolyl-adenylate / プロリルアデニル酸


分子量: 444.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N6O8P
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 7.8
詳細: 28% PEG 3350, 0.21 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.8), 10 mM ATP, 10 mM L-Proline, 1 mM TCEP; for cryoprotection, crystal-containing drop was diluted approx. four-fold with 30% glycerol, 0.175 ...詳細: 28% PEG 3350, 0.21 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.8), 10 mM ATP, 10 mM L-Proline, 1 mM TCEP; for cryoprotection, crystal-containing drop was diluted approx. four-fold with 30% glycerol, 0.175 M MgCl2, 24.5% PEG 3350, 0.105 M Tris (pH 8.2), 0.7 mM TCEP and crystal was frozen in LN2 after several minutes of equilibration., sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MarUSA MarMosaic -325 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月8日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 52868 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4857 / Χ2: 1.025 / % possible all: 92.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 54.79 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å30.19 Å
Translation2.5 Å30.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.5.0096精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NJ5

1nj5


解像度: 2.2→30.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 11.772 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES ARE RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 2726 5.2 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 52791 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.98 Å2 / Biso mean: 34.624 Å2 / Biso min: 15.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7924 0 96 215 8235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0228238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.071.97111142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7983.00113880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8951002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.36523.913368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.427151452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5061552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.33445012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.36642024
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2368127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74163226
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.163103013
LS精密化 シェル解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 197 -
Rwork0.205 3318 -
all-3515 -
obs--90.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1525-0.101-0.07520.73060.16350.98750.0195-0.0872-0.13720.0651-0.02270.02630.1363-0.09810.00330.1398-0.0310.00210.1480.00220.176861.253782.78413.8709
20.9710.0702-0.18870.56450.08430.68650.0586-0.05230.09040.0482-0.00220.0274-0.0155-0.0802-0.05640.1415-0.0027-0.00140.166-0.01510.164753.97290.35496.1686
32.92960.542-0.87811.3185-0.54911.23160.01820.46730.2503-0.18230.0615-0.1325-0.0980.0381-0.07970.1223-0.01550.02840.19440.03210.080370.205895.8168-19.5135
41.4108-0.0697-0.32551.00710.09362.10360.0130.0237-0.09080.0205-0.0570.02060.1801-0.09230.0440.1167-0.0301-0.00540.1182-0.0280.132133.590379.66292.0461
50.6188-0.0692-0.01110.68720.32761.03050.0017-0.0848-0.11740.1209-0.02640.00520.1345-0.02050.02470.1652-0.0022-0.01310.13930.01170.171677.270284.889718.1086
60.5968-0.13290.12850.78080.51531.08130.0021-0.0103-0.08890.05680.0136-0.02650.10510.121-0.01570.1353-0.0011-0.00350.12180.00180.148989.165687.985714.6461
71.2698-0.19390.18141.5532-0.46122.08720.00330.00640.1176-0.0046-0.02730.1246-0.4493-0.19940.0240.22560.0567-0.01470.0786-0.02640.153468.6131121.851817.1037
81.7793-1.60650.59161.9172-0.56110.81340.01710.08450.1371-0.0479-0.0467-0.1088-0.0250.1750.02960.1153-0.0441-0.00490.1226-0.00070.1224100.393898.076624.0755
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2A204 - 342
3X-RAY DIFFRACTION3A343 - 456
4X-RAY DIFFRACTION4A457 - 542
5X-RAY DIFFRACTION5B38 - 178
6X-RAY DIFFRACTION6B179 - 315
7X-RAY DIFFRACTION7B316 - 433
8X-RAY DIFFRACTION8B434 - 542

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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