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- PDB-3hlj: Crystal structure of human carbonic anhydrase isozyme II with 3-m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hlj
タイトルCrystal structure of human carbonic anhydrase isozyme II with 3-methylthiobenzimidazo[1,2-c][1,2,3]thiadiazol-7-sulfonamide
要素Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素
キーワードLYASE (リアーゼ) / drug design (医薬品設計) / carbonic anhydrase (炭酸脱水酵素) / sulfonamide (スルホンアミド) / thiadiazole / Disease mutation / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
炭酸脱水酵素 / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...炭酸脱水酵素 / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V21 / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Grazulis, S. / Manakova, E. / Golovenko, D.
引用ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2010
タイトル: Inhibition and binding studies of carbonic anhydrase isozymes I, II and IX with benzimidazo[1,2-c][1,2,3]thiadiazole-7-sulphonamides
著者: Baranauskiene, L. / Hilvo, M. / Matuliene, J. / Golovenko, D. / Manakova, E. / Dudutiene, V. / Michailoviene, V. / Torresan, J. / Jachno, J. / Parkkila, S. / Maresca, A. / Supuran, C.T. / ...著者: Baranauskiene, L. / Hilvo, M. / Matuliene, J. / Golovenko, D. / Manakova, E. / Dudutiene, V. / Michailoviene, V. / Torresan, J. / Jachno, J. / Parkkila, S. / Maresca, A. / Supuran, C.T. / Grazulis, S. / Matulis, D.
履歴
登録2009年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,67812
ポリマ－29,2891
非ポリマー38911
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.140, 40.927, 72.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / 炭酸脱水酵素 / Carbonic anhydrase II / CA-II / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC


分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素

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非ポリマー , 5種, 230分子

#2: 化合物 ChemComp-V21 / 3-methylthiobenzimidazo[1,2-c][1,2,3]thiadiazol-7-sulfonamide


分子量: 300.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8N4O2S3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE NUMBER 126 IS SIMPLY SKIPPED IN THE ENTRY TO KEEP THE ACTIVE CENTER RESIDUES NUMBERING BETWEEN ...THE NUMBER 126 IS SIMPLY SKIPPED IN THE ENTRY TO KEEP THE ACTIVE CENTER RESIDUES NUMBERING BETWEEN DIFFERENT CARBONIC ANHYDRASE ISOFORMS CONSISTENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 % / Mosaicity: 0.848 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystallization buffer was 0.1M sodium BICINE, pH9.0, 0.2M ammonium sulfate and 2M sodium malonate, pH7.0 made from 1M sodium BICINE and 3.4M sodium malonate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8423 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si [111], horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8423 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.438→24.456 Å / Num. all: 42194 / Num. obs: 42194 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 7.015
反射 シェル解像度: 1.44→1.52 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured all: 22437 / Num. unique all: 5634 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 89.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NNS

2nns


解像度: 1.44→23.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.2 / WRfactor Rwork: 0.173 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.882 / SU B: 2.739 / SU ML: 0.048 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / SU Rfree: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; As for the UNK residue, it looks like it is a part of the MES molecule. There is only the ring, which is visible in the structure but -CH2- ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; As for the UNK residue, it looks like it is a part of the MES molecule. There is only the ring, which is visible in the structure but -CH2-CH2-SO3 moiety is not fixed. So the depositors have decided to remove this moiety from the MES molecule, because at any rate they are not able to say anything reasonable about its orientation.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 4248 10.1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all0.178 42193 --
obs0.178 42193 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.7 Å2 / Biso mean: 16.481 Å2 / Biso min: 5.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å2-0.37 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→23.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 28 219 2296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2451.9622929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2195264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17824.52695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.2615334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.849157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21434
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0680.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8321.51303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37222107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9863884
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7964.5811
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.41232187
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.8823221
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.11432072
LS精密化 シェル解像度: 1.441→1.479 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 304 -
Rwork0.239 2524 -
all-2828 -
obs-2524 89.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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