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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gw9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of sterol 14-alpha demethylase (CYP51) from Trypanosoma brucei bound to an inhibitor N-(1-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl)-4-(5-phenyl-1,3,4-oxaziazol-2-yl)benzamide | ||||||
![]() | STEROL 14ALPHA-DEMETHYLASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / STEROL 14ALPHA-DEMETHYLASE / CYP51 / CYTOCHROME P450 / HEME / MONOOXYGENASE / STEROL BIOSYNTHESIS / LIPIDS / ENDOPLASMIC RETICULUM / IRON / HEME-THIOLATE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() membrane biogenesis / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / sterol metabolic process / nuclear envelope / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lepesheva, G.I. / Hargrove, T.Y. / Harp, J. / Wawrzak, Z. / Waterman, M.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Trypanosoma brucei sterol 14alpha-demethylase and implications for selective treatment of human infections. 著者: Lepesheva, G.I. / Park, H.W. / Hargrove, T.Y. / Vanhollebeke, B. / Wawrzak, Z. / Harp, J.M. / Sundaramoorthy, M. / Nes, W.D. / Pays, E. / Chaudhuri, M. / Villalta, F. / Waterman, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 723.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 602.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51018.258 Da / 分子数: 4 / 変異: R28K, P29G, T30K, D31L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞内の位置: membrane / 遺伝子: CYP51, Tb11.02.4080 / プラスミド: pCW / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-VNI / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: PEG 3350, POTASSIUM PHOSPHATE, n-TETRADECYL-BETA-D-MALTOSIDE, SODIUM CHLORIDE, N-(1-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl)-4-(5-phenyl-1,3,4-oxaziazol-2-yl)benzamide , pH 7.3, VAPOR ...詳細: PEG 3350, POTASSIUM PHOSPHATE, n-TETRADECYL-BETA-D-MALTOSIDE, SODIUM CHLORIDE, N-(1-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl)-4-(5-phenyl-1,3,4-oxaziazol-2-yl)benzamide , pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月16日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono |
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→37.48 Å / Num. all: 149012 / Num. obs: 144527 / % possible obs: 96.99 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 91.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 3G1Q 解像度: 1.87→37.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.426 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.8 / σ(I): 1.8 / ESU R: 0.534 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.112 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→37.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.87→1.922 Å / Total num. of bins used: 20
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