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万見
- PDB-3gmd: Structure-based design of 7-Azaindole-pyrrolidines as inhibitors ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gmd
タイトルStructure-based design of 7-Azaindole-pyrrolidines as inhibitors of 11beta-Hydroxysteroid-Dehydrogenase type I
要素Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / ALPHA/BETA / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Lipid metabolism / Membrane / NADP / Oxidoreductase / Signal-anchor / Steroid metabolism / Transmembrane / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Glucocorticoid biosynthesis / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Prednisone ADME / steroid metabolic process / lung development / NADP binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2M3 / Chem-NDP / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Valeur, E. / Lepifre, F. / Roche, D. / Christmann-Franck, S. / Hillertz, P. / Musil, D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Structure-based design of 7-azaindole-pyrrolidine amides as inhibitors of 11 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type I.
著者: Valeur, E. / Christmann-Franck, S. / Lepifre, F. / Carniato, D. / Cravo, D. / Charon, C. / Bozec, S. / Musil, D. / Hillertz, P. / Doare, L. / Schmidlin, F. / Lecomte, M. / Schultz, M. / Roche, D.
履歴
登録2009年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
C: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
E: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
F: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
G: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
H: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,47933
ポリマ－231,8808
非ポリマー9,59925
水9,494527
1
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2507
ポリマ－57,9702
非ポリマー2,2805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
2
C: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4429
ポリマ－57,9702
非ポリマー2,4727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area23070 Å2
手法PISA
3
E: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
F: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3468
ポリマ－57,9702
非ポリマー2,3766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
4
G: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
H: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4429
ポリマ－57,9702
非ポリマー2,4727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area23310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.336, 70.486, 132.956
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-beta-HSD1 / 11-DH / 11beta-HSD1A


分子量: 28984.939 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Humanized mouse 11-beta HSD / 遺伝子: Hsd11, Hsd11b1, HSD11L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50172, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-2M3 / 2-methyl-3-{(3S)-1-[(1-pyridin-2-ylcyclopropyl)carbonyl]pyrrolidin-3-yl}-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine


分子量: 346.426 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N4O
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→132.45 Å / Num. all: 107370 / Num. obs: 103009 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 9.27
反射 シェル解像度: 2.28→2.34 Å / 冗長度: 2.45 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / Num. unique all: 7573 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→70 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 1260 -random
Rwork0.252 ---
all0.27 107370 --
obs0.254 103009 95.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16200 0 637 527 17364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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