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- PDB-3fxv: Identification of an N-oxide pyridine GW4064 analogue as a potent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fxv
タイトルIdentification of an N-oxide pyridine GW4064 analogue as a potent FXR agonist
要素
  • 12-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1
  • NR1H4 protein
キーワードhormone receptor / NUCLEAR RECEPTOR / CHOLESTEROL / BILE ACID / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / Activator / Acyltransferase / Alternative splicing / Chromosomal rearrangement / Phosphoprotein / Polymorphism / Proto-oncogene / Transferase / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-17 production / : / negative regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032720 / euchromatin => GO:0000791 / regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle ...interleukin-17 production / : / negative regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032720 / euchromatin => GO:0000791 / regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / : / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / chromatin => GO:0000785 / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / : / toll-like receptor 9 signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / bile acid metabolic process / lipid homeostasis / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / bile acid and bile salt transport / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / cell-cell junction assembly / bile acid binding / positive regulation of female receptivity / bile acid signaling pathway / cellular response to fatty acid / toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of cholesterol metabolic process / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / hypothalamus development / negative regulation of interleukin-2 production / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / transcription factor binding / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of type II interferon production / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / fatty acid homeostasis / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to retinoic acid / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / Notch signaling pathway / RORA activates gene expression / transcription coregulator binding / positive regulation of neuron differentiation / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / SUMOylation of intracellular receptors / cholesterol homeostasis / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to progesterone / nuclear receptor binding / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / lipid metabolic process / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / PPARA activates gene expression / negative regulation of inflammatory response / Heme signaling / Nuclear Receptor transcription pathway / euchromatin / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / RNA polymerase II transcription regulator complex
類似検索 - 分子機能
Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / : / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / : / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-643 / Bile acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Feng, S. / Yang, M. / He, Y. / Chen, L. / Zhang, Z. / Wang, Z. / Hong, D. / Richter, H. / Benson, G.M. / Bleicher, K. ...Feng, S. / Yang, M. / He, Y. / Chen, L. / Zhang, Z. / Wang, Z. / Hong, D. / Richter, H. / Benson, G.M. / Bleicher, K. / Grether, U. / Martin, R. / Plancher, J.-M. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Identification of an N-oxide pyridine GW4064 analog as a potent FXR agonist
著者: Feng, S. / Yang, M. / Zhang, Z. / Wang, Z. / Hong, D. / Richter, H. / Benson, G.M. / Bleicher, K. / Grether, U. / Martin, R.E. / Plancher, J.-M. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. / Chen, L.
履歴
登録2009年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NR1H4 protein
B: 12-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3123
ポリマ－28,7612
非ポリマー5501
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.796, 94.796, 48.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 NR1H4 protein / FXR / Nuclear receptor subfamily 1 / group H / member 4 / isoform CRA_b


分子量: 27100.191 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain, residues 248-475 / 変異: E281A, E354A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H4, hCG_20893 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1L4K5, UniProt: Q96RI1*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド 12-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1 / SRC-1 / NCoA-1 / Steroid receptor coactivator 1 / RIP160 / Protein Hin-2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52


分子量: 1660.912 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 744-756 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788
#3: 化合物 ChemComp-643 / 6-(4-{[3-(3,5-dichloropyridin-4-yl)-5-(1-methylethyl)isoxazol-4-yl]methoxy}-2-methylphenyl)-1-methyl-1H-indole-3-carbox ylic acid / 6-{4-[3-(3,5-Dichloro-pyridin-4-yl)-5-isopropyl-isoxazol-4-ylmethoxy]-2-methyl-phenyl}-1-methyl-1H-indole-3-carboxylic acid


分子量: 550.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H25Cl2N3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→48.27 Å / Num. all: 11724 / Num. obs: 11644 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.14 % / Biso Wilson estimate: 49.457 Å2 / Rsym value: 0.0482 / Net I/σ(I): 16.46
反射 シェル解像度: 2.26→2.31 Å / 冗長度: 3.35 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 522 / Rsym value: 0.3952 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
COMO位相決定
BUSTER-TNT2.1.1精密化
HKL-2000データ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished FXR model

解像度: 2.26→41.61 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2421 575 4.94 %RANDOM
Rwork0.1883 ---
obs0.191 11634 99.11 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46070682 Å20 Å20 Å2
2--1.46070682 Å20 Å2
3----2.92141364 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→41.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1929 0 38 59 2026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00820102
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.85727102
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d23.3114180
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.006572
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0112805
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.518201020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.067235
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.4 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3278 92 5.08 %
Rwork0.2571 1718 -
all0.2606 1810 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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