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- PDB-3fx8: Distinct recognition of three-way DNA junctions by a thioester va... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fx8
タイトルDistinct recognition of three-way DNA junctions by a thioester variant of a metallo-supramolecular cylinder ('helicate')
要素(5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
キーワードDNA / Self-assembly / DNA-based nanomaterial
機能・相同性Chem-5PM / : / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Boer, D.R. / Uson, I. / Coll, M.
引用
ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2010
タイトル: Self-Assembly of Functionalizable Two-Component 3D DNA Arrays through the Induced Formation of DNA Three-Way-Junction Branch Points by Supramolecular Cylinders.
著者: Boer, D.R. / Kerckhoffs, J.M. / Parajo, Y. / Pascu, M. / Uson, I. / Lincoln, P. / Hannon, M.J. / Coll, M.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2006
タイトル: Molecular recognition of a three-way DNA junction by a metallosupramolecular helicate.
著者: Oleksy, A. / Blanco, A.G. / Boer, R. / Uson, I. / Aymami, J. / Rodger, A. / Hannon, M.J. / Coll, M.
履歴
登録2009年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8227
ポリマ－1,8091
非ポリマー1,0126
水00
1
C: (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

C: (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

C: (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,46521
ポリマ－5,4283
非ポリマー3,03718
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_467z-1/2,-x+3/2,-y+21
crystal symmetry operation12_675-y+3/2,-z+2,x+1/21
Buried area4580 Å2
ΔGint-68.9 kcal/mol
Surface area2430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.249, 49.249, 49.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-101-

FE2

21C-102-

FE2

31C-201-

FE2

41C-202-

FE2

詳細A THREE-WAY JUNCTION (CHAINS A AND C) WITH DISCONTINUOUS DNA STRANDS CAN BE GENERATED THROUGH THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS ON CHAIN C: [Z+1/2,-X+1/2,-Y+(0 1 1)], [Y+1/2,-Z+1/2,-X+(-1 1 1)], [-X, Y+1/2,-Z+1/2+(0 1 0)], [-Z,X+1/2,-Y+1/2+(0 1 1)], [Y,Z,X+(0 2 1)] AND THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS ON CHAIN A: [-Z,X+1/2,-Y+1/2 +(0 1 1)], [Y+1/2,-Z+1/2,-X +(-1 1 1)]

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要素

#1: DNA鎖 (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic hexanucleotide. The sequence is palindromic
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-5PM / 4,4'-sulfanediylbis{N-[(1E)-pyridin-2-ylmethylidene]aniline} / 1,1-Bis(N-(4-phenyl)-2-pyridylcarboxaldimine)thioether / 4,4′-チオビス[N-(2-ピリジルメチレン)アニリン]


分子量: 394.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18N4S
非ポリマーの詳細LIGAND 5PM C 111 WITH TWO IRON ATOMS FE2 C 101 AND C 102 IS THE M HELICAL ENANTIOMER OF [FE2L3], ...LIGAND 5PM C 111 WITH TWO IRON ATOMS FE2 C 101 AND C 102 IS THE M HELICAL ENANTIOMER OF [FE2L3], WHERE L IS 4,4'-SULFANEDIYLBIS{N-[(1E)-PYRIDIN-2-YLMETHYLIDENE]ANILINE}

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1 microliter of 10 mM cylinder, 1 microliter of 3 mM DNA, 2 microliters of crystallization buffer (10 mM Magnesium chloride, 5% v/v Isopropanol, 50 mM Tris-HCl), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 1 microliter of 10 mM cylinder, 1 microliter of 3 mM DNA, 2 microliters of crystallization buffer (10 mM Magnesium chloride, 5% v/v Isopropanol, 50 mM Tris-HCl), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Magnesium chloride11
2Isopropanol11
3Tris-HCl11
4Magnesium chloride12
5Isopropanol12
6Tris-HCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.7366, 1.7410, 1.7311
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.73661
21.7411
31.73111
反射解像度: 2.44→24.63 Å / Num. all: 1573 / Num. obs: 1573 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 2.44→2.58 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 228 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
ProDCデータ収集
SHELXDE位相決定
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.44→24.63 Å / Isotropic thermal model: isotropic
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 74 -Random
Rwork0.187 ---
all0.187 1573 --
obs0.187 1540 98 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET (SHELXL SWAT)
原子変位パラメータBiso mean: 79.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→24.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 120 62 0 182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.031
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.55 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.358 -
obs-165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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