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万見
- PDB-3fug: Crystal Structure of the Retinoid X Receptor Ligand Binding Domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fug
タイトルCrystal Structure of the Retinoid X Receptor Ligand Binding Domain Bound to the Synthetic Agonist 3-[4-Hydroxy-3-(3,5,5,8,8-pentamethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)-phenyl]acrylic Acid
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTranscription/Transcription regulator / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / HORMONE RECEPTOR / DNA-binding / Host-virus interaction / Metal-binding / Nucleus / Polymorphism / Receptor / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / Zinc / Zinc-finger / Activator / Phosphoprotein / Transcription-Transcription regulator COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear steroid receptor activity / LBD domain binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / transcription regulator inhibitor activity / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / peptide binding / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / nervous system development / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / nuclear body / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2E3 / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bourguet, W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Modulating retinoid X receptor with a series of (E)-3-[4-hydroxy-3-(3-alkoxy-5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)phenyl]acrylic acids and their 4-alkoxy isomers.
著者: Perez Santin, E. / Germain, P. / Quillard, F. / Khanwalkar, H. / Rodriguez-Barrios, F. / Gronemeyer, H. / de Lera, A.R. / Bourguet, W.
履歴
登録2009年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7563
ポリマ－28,3922
非ポリマー3641
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
2
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子

A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5136
ポリマ－56,7844
非ポリマー7292
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.763, 65.763, 110.857
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Retinoid X receptor alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1


分子量: 26856.039 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN (RESIDUES 223-462) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR2B1, RXRA / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1535.856 Da / 分子数: 1
断片: NUCLEAR RECEPTOR INTERACTION MOTIF 2 (RESIDUES 686-698)
由来タイプ: 合成
詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN HUMANS. THE PEPTIDE HAS BEEN SYNTHESIZED BY AUTOMATIC CHEMICAL SYNTHESIS
参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-2E3 / (2E)-3-[4-hydroxy-3-(3,5,5,8,8-pentamethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)phenyl]prop-2-enoic acid / CD-3254


分子量: 364.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M TRIS, 1M AMMONIUM ACETATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→31.53 Å / Num. obs: 17071 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 21.069 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.116.20.37721504324330.377100
2.11-2.246.20.25531413322980.255100
2.24-2.396.20.1694.51342221820.169100
2.39-2.586.10.1375.61244720390.137100
2.58-2.836.10.0947.81152318850.094100
2.83-3.1660.06810.61037717170.068100
3.16-3.6560.04614.3918315340.046100
3.65-4.475.90.03417.6768913090.034100
4.47-6.325.70.04711.9597510530.047100
6.32-32.844.90.0311730716210.03197

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å31.52 Å
Translation3 Å31.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.19データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MVC

1mvc


解像度: 2→31.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / WRfactor Rfree: 0.24 / WRfactor Rwork: 0.208 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.854 / SU B: 8.069 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.197 / SU Rfree: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 882 5.2 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.207 17071 --
obs0.207 17016 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.23 Å2 / Biso mean: 19.232 Å2 / Biso min: 8.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1752 0 27 112 1891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1662.0022457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6095218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.6123.50677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74115328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.691513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21261
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3110.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6251.51147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06921775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5443767
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4064.5682
LS精密化 シェル解像度: 2→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 75 -
Rwork0.206 1157 -
all-1232 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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