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- PDB-3fsf: P38 kinase crystal structure in complex with 3-(2,6-Dichloro-phen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fsf
タイトルP38 kinase crystal structure in complex with 3-(2,6-Dichloro-phenyl)-7-[4-(2-diethylamino-ethoxy)-phenylamino]-1-methyl-3,4-dihydro-1H-pyrimido[4,5-d]pyrimidin-2-one
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / P38 / MAP KINASE / SERINE/THREONINE KINASE / Alternative splicing / ATP-binding / Cytoplasm / Kinase / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / positive regulation of myoblast fusion / cartilage condensation / stress-activated protein kinase signaling cascade / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of cyclase activity / response to dietary excess ...Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / positive regulation of myoblast fusion / cartilage condensation / stress-activated protein kinase signaling cascade / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of cyclase activity / response to dietary excess / positive regulation of myotube differentiation / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of muscle cell differentiation / cellular response to UV-B / mitogen-activated protein kinase p38 binding / Myogenesis / Platelet sensitization by LDL / NFAT protein binding / cellular response to lipoteichoic acid / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / MAP kinase kinase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / osteoclast differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / signal transduction in response to DNA damage / p38MAPK events / positive regulation of erythrocyte differentiation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / cellular response to virus / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / platelet activation / bone development / response to insulin / NOD1/2 Signaling Pathway / cellular senescence / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / osteoblast differentiation / chemotaxis / spindle pole / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / MAPK cascade / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular response to lipopolysaccharide / secretory granule lumen / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / Neutrophil degranulation / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / mitochondrion / DNA-templated transcription / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FSS / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Bertrand, J. / Lovejoy, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Discovery of Pamapimod and R1487 as Orally Bioavailable and Highly Selective Inhibitors of p38 Map Kinase
著者: Soth, M. / Kuglstatter, A. / Goldstein, D.
履歴
登録2009年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2502
ポリマ－42,7491
非ポリマー5011
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.202, 86.402, 124.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit of the crystal structure contains one biological unit.

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti- ...Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAX-interacting protein 2 / MAP kinase MXI2 / SAPK2A


分子量: 42748.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MAPK14, MXI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-FSS / 3-(2,6-dichlorophenyl)-7-({4-[(diethylamino)methoxy]phenyl}amino)-1-methyl-3,4-dihydropyrimido[4,5-d]pyrimidin-2(1H)-one


分子量: 501.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26Cl2N6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 290 K / pH: 7.6
詳細: 50 mM Hepes pH 7.6, 50 mM CaCl2, 17% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→10 Å / Num. obs: 28190 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.089
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
CNX2000精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P38

1p38
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→9.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 572368.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2763 9.9 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs-27856 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.37 Å2 / ksol: 0.47 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.34 Å20 Å20 Å2
2---1.21 Å20 Å2
3---6.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→9.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2751 0 34 156 2941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.91.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.82.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 389 9.5 %
Rwork0.254 3707 -
obs--85.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3RO8.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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