PDB-3fro: Crystal structure of Pyrococcus abyssi glycogen synthase with ope...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fro

タイトル

Crystal structure of Pyrococcus abyssi glycogen synthase with open and closed conformations

要素

GlgA glycogen synthase

キーワード

TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY / UDP/ADP-GLUCOSE-GLYCOGEN SYNTHASE / TWO ROSSMAN FOLDS

機能・相同性

機能・相同性情報

glycogen (starch) synthase activity / glycogen biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus abyssi (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Diaz, A. / Guinovart, J.J. / Fita, I. / Ferrer, J.C.

引用

ジャーナル: IUBMB Life / 年: 2012
タイトル: Lyase activity of glycogen synthase: Is an elimination/addition mechanism a possible reaction pathway for retaining glycosyltransferases?
著者: Diaz, A. / Diaz-Lobo, M. / Grados, E. / Guinovart, J.J. / Fita, I. / Ferrer, J.C.

履歴

登録	2009年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _struct_ref_seq_dif.details / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fro.cif.gz	259 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fro.ent.gz	210.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fro.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fro_validation.pdf.gz	494.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fro_full_validation.pdf.gz	521.1 KB	表示
XML形式データ	3fro_validation.xml.gz	46 KB	表示
CIF形式データ	3fro_validation.cif.gz	62.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/3fro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/3fro	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bisS 1rzu 2qzs S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2bis-d 3ig4-3 6sp4-d 3ig4-2 2jas-d 23187 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GlgA glycogen synthase

B: GlgA glycogen synthase

C: GlgA glycogen synthase

ヘテロ分子

149 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.998, 139.913, 159.414
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GlgA glycogen synthase 分子量: 49341.617 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)/pG-Tf2 参照: UniProt: Q9V2J8, starch synthase (glycosyl-transferring)
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 糖	ChemComp-NHF / 1,5-anhydro-D-fructose / 1,5-アンヒドロ-D-フルクト-スタイプ: D-saccharide / 分子量: 162.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₀O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 26-30% MPD, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 58723 / Num. obs: 58364 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 55.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 1964 / R_sym value: 0.32 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

開始モデル: PDB ENTRY 2BIS

2bis

解像度: 2.5→24.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 24.683 / SU ML: 0.244 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.496 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	2950	5.1 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
all	0.288	58527	-	-
obs	0.216	58364	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.51 Å² / B_iso mean: 43.416 Å² / B_iso min: 19.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10452	0	50	95	10597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	10787
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.825	1.967	14554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.74	3.001	18276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.803	5	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.785	23.006	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.931	15	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.818	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	11961
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.166	0.2	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	7483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	5236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	5717
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.113	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.124	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.101	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.223	1.5	8567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.021	1.5	2723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.245	2	10484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.322	3	5074
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.494	4.5	4070

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	210	-
R_work	0.358	3953	-
all	-	4163	-
obs	-	1964	98.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4693	0.0483	0.3779	2.1599	-0.1034	1.8617	-0.0168	0.0438	0.0285	0.052	-0.0428	-0.0805	-0.0244	0.0478	0.0597	-0.0903	-0.0219	-0.0162	-0.4745	0.0228	0.0714	52.024	85.046	-46.752
2	1.4034	0.6188	-0.2062	2.0894	-0.4987	1.9486	-0.0025	0.0419	-0.0671	-0.0976	-0.0099	-0.032	0.0675	-0.0526	0.0124	-0.0649	0.0129	-0.0349	-0.4544	-0.0207	0.0309	35.209	51.361	-46.834
3	1.8305	0.72	0.199	3.6971	-0.465	2.0703	0.0666	-0.2072	0.0825	0.5226	-0.145	-0.0621	-0.2815	-0.0005	0.0784	0.0864	-0.0294	-0.0488	-0.3682	0.0125	-0.0049	46.475	66.626	-14.366
4	3.7401	-0.0969	-0.7413	4.6805	0.0644	1.5821	0.1303	0.046	-0.0286	0.0272	-0.0063	-0.2601	-0.0336	0.2478	-0.1239	-0.0211	-0.0642	-0.094	-0.2789	-0.0325	0.1215	75.571	108.538	-36.574
5	5.6472	0.0733	2.5647	3.8834	0.7324	3.4636	0.0535	0.8	-0.9854	-0.566	0.0256	0.1807	0.2726	0.133	-0.0791	0.3241	-0.033	0.0492	-0.0659	-0.2499	0.404	34.594	42.037	-77.126
6	3.261	0.1729	-0.6098	2.0499	-0.7689	4.0058	-0.0971	-0.1255	-0.025	-0.0775	0.0814	-0.0407	0.2924	-0.1117	0.0156	0.0423	-0.0448	-0.0344	-0.4066	-0.0142	0.0833	40.916	39.697	6.188

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 217
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	414 - 437
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 217
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	414 - 437
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 217
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	414 - 437
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	218 - 413
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	218 - 413
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	218 - 413

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)