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- PDB-3fei: Design and biological evaluation of novel, balanced dual PPARa/g ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fei
タイトルDesign and biological evaluation of novel, balanced dual PPARa/g agonists
要素
  • Peptide motif 5 of Nuclear receptor coactivator 1
  • Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
キーワードTRANSCRIPTION / NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / DIABETES / Activator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Polymorphism / Receptor / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of fatty acid oxidation / behavioral response to nicotine / lipoprotein metabolic process / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / : / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / negative regulation of glycolytic process / ubiquitin conjugating enzyme binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / positive regulation of fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / NFAT protein binding / male mating behavior / hypothalamus development / negative regulation of cholesterol storage / positive regulation of ATP biosynthetic process / nuclear steroid receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / protein-lysine-acetyltransferase activity / progesterone receptor signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / epidermis development / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / phosphatase binding / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of lipid biosynthetic process / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / : / negative regulation of blood pressure / estrogen receptor signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / nitric oxide metabolic process / lactation / positive regulation of adipose tissue development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of cellular response to insulin stimulus / MDM2/MDM4 family protein binding / response to nutrient / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / positive regulation of gluconeogenesis / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to progesterone / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / negative regulation of miRNA transcription / cerebellum development / cellular response to starvation / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / wound healing / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / fatty acid metabolic process / regulation of circadian rhythm / cerebral cortex development / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to insulin / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / : / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CTM / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Benz, J. / Grether, U. / Gsell, B. / Binggeli, A. / Hilpert, H. / Maerki, H.P. / Mohr, P. / Ruf, A. / Stihle, M. / Schlatter, D.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2009
タイトル: Design and biological evaluation of novel, balanced dual PPARalpha/gamma agonists
著者: Grether, U. / Benardeau, A. / Benz, J. / Binggeli, A. / Blum, D. / Hilpert, H. / Kuhn, B. / Maerki, H.P. / Meyer, M. / Mohr, P. / Puntener, K. / Raab, S. / Ruf, A. / Schlatter, D.
履歴
登録2008年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
Z: Peptide motif 5 of Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3633
ポリマ－31,9312
非ポリマー4321
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.528, 75.705, 97.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / PPAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 1


分子量: 30270.402 Da / 分子数: 1 / 断片: PPARalpha ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARA, NR1C1, PPAR / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07869
#2: タンパク質・ペプチド Peptide motif 5 of Nuclear receptor coactivator 1 / SRC-1 Coactivator protein motif 5


分子量: 1660.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesis / 参照: UniProt: Q15788
#3: 化合物 ChemComp-CTM / (2S)-3-(4-{[2-(4-chlorophenyl)-1,3-thiazol-4-yl]methoxy}-2-methylphenyl)-2-ethoxypropanoic acid / 3-{4-[2-(4-Chloro-phenyl)-thiazol-4-ylmethoxy]-2-methyl-phenyl}-2-(S)-ethoxy-propionic acid


分子量: 431.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22ClNO4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris, 0.2M MgCl2, 25% PEG3350, 15% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 12953 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 54.3 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 1276 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 9.649 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25972 630 4.9 %RANDOM
Rwork0.21653 ---
obs0.21867 12282 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.921 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2---4.88 Å20 Å2
3---5.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2043 0 29 141 2213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.9922842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1855250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74824.52695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.58715393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3191510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21439
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6721.51316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18722043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5143934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4454.5799
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.482 47 -
Rwork0.281 882 -
obs--99.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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