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- PDB-3fc1: Crystal structure of p38 kinase bound to pyrimido-pyridazinone in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fc1
タイトルCrystal structure of p38 kinase bound to pyrimido-pyridazinone inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / kinase inhibitor / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / stress-activated protein kinase signaling cascade / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA ...positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / stress-activated protein kinase signaling cascade / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / : / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / Platelet sensitization by LDL / NFAT protein binding / positive regulation of myotube differentiation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / fatty acid oxidation / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / skeletal muscle tissue development / positive regulation of brown fat cell differentiation / p38MAPK events / response to muscle stretch / signal transduction in response to DNA damage / striated muscle cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of erythrocyte differentiation / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / stem cell differentiation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import across plasma membrane / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / platelet activation / cellular response to virus / response to insulin / positive regulation of protein import into nucleus / bone development / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell morphogenesis / chemotaxis / spindle pole / osteoblast differentiation / cellular senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / secretory granule lumen / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / transcription by RNA polymerase II / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-52P / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jacobs, M.D. / Bellon, S.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Evaluating the molecular mechanics poisson-boltzmann surface area free energy method using a congeneric series of ligands to p38 MAP kinase.
著者: Pearlman, D.A.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2001
タイトル: Are free energy calculations useful in practice? A comparison with rapid scoring functions for the p38 MAP kinase protein system.
著者: Pearlman, D.A. / Charifson, P.S.
履歴
登録2008年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4713
ポリマ－41,9991
非ポリマー4722
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.697, 85.958, 123.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti- ...Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAX-interacting protein 2 / MAP kinase MXI2 / SAPK2A


分子量: 41998.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2 / プラスミド: pVL1392 (Pharmingen) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Tissue fraction (発現宿主): insect cells / Variant (発現宿主): Tn-368 / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-52P / 5-(2,6-dichlorophenyl)-2-[(2,4-difluorophenyl)sulfanyl]-6H-pyrimido[1,6-b]pyridazin-6-one


分子量: 436.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H9Cl2F2N3OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 mg/mL Protein, 20 % PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0, 50 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 18713 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
X-PLORモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 17.703 / SU ML: 0.183 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: PDB entry 1WFC
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25083 1834 9.8 %RANDOM
Rwork0.1989 ---
obs0.20401 16861 95.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2675 0 29 133 2837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1691.9793759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6435326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.23423.984128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46515478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.421517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21238
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21882
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5551.51709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97122687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.19831231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9144.51072
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 95 -
Rwork0.257 1002 -
obs--78.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 44.2584 Å / Origin y: 25.7892 Å / Origin z: 40.5694 Å
111213212223313233
T-0.1089 Å2-0.0058 Å20.0666 Å2--0.102 Å20.0131 Å2---0.1177 Å2
L2.0406 °2-1.0502 °21.3914 °2-1.3759 °2-0.5365 °2--1.5914 °2
S-0.0331 Å °0.0184 Å °0.022 Å °0.0773 Å °0.0913 Å °0.1171 Å °-0.0112 Å °-0.0331 Å °-0.0582 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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