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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eru | ||||||||||||||||||
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タイトル | A bimolecular anti-parallel-stranded Oxytricha nova telomeric quadruplex in complex with a 3,6-disubstituted acridine BSU-6045 | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / quadruplex / Oxytricha nova / BSU-6045 / BSU6045 / anti-parallel / bimolecular / macromolecule / G-quadruplex / telomere | 機能・相同性 | : / Chem-NCJ / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | データ登録者 | Campbell, N.H. / Parkinson, G. / Neidle, S. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 | タイトル: Selectivity in Ligand Recognition of G-Quadruplex Loops. 著者: Campbell, N.H. / Patel, M. / Tofa, A.B. / Ghosh, R. / Parkinson, G.N. / Neidle, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3eru.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3eru.ent.gz | 18.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3eru.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3eru_validation.pdf.gz | 591 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3eru_full_validation.pdf.gz | 592.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3eru_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3eru_validation.cif.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/3eru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/3eru | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3805.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The sequence occurs naturally in Oxytricha nova #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-NCJ / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2 microliter drops containing 5% v/v MPD, 0.50 mM DNA, 0.25 mM Ligand, 40 mM Potassium chloride, 5 mM Magnesium chloride, 4.1 mM Spermine equilibrated against 35% v/v MPD, pH 7.0, VAPOR ...詳細: 2 microliter drops containing 5% v/v MPD, 0.50 mM DNA, 0.25 mM Ligand, 40 mM Potassium chloride, 5 mM Magnesium chloride, 4.1 mM Spermine equilibrated against 35% v/v MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.15K | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→23.18 Å / Num. all: 4619 / Num. obs: 4422 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.77 % / Biso Wilson estimate: 27.559 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.72 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 458 / % possible all: 93.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1L1H 解像度: 2→22.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU ML: 0.124 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.439 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→22.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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