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- PDB-3ej5: complex of Ricin A chain and pyrimidine-based inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ej5
タイトルcomplex of Ricin A chain and pyrimidine-based inhibitor
要素Ricin A chain
キーワードHYDROLASE / protein inhibitor complex / Glycoprotein / Lectin / Nucleotide-binding / Plant defense / Protein synthesis inhibitor / Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bai, Y. / Monzingo, A.F. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2009
タイトル: The X-ray structure of ricin A chain with a novel inhibitor
著者: Bai, Y. / Monzingo, A.F. / Robertus, J.D.
履歴
登録2008年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Ricin A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0522
ポリマ－28,7621
非ポリマー2891
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.642, 68.006, 49.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ricin A chain / rRNA N- glycosidase


分子量: 28762.414 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 40-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / プラスミド: PUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-EJ5 / 4-[3-(2-amino-4-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyrimidin-5-yl)propyl]benzoic acid


分子量: 289.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15N3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: tris-HCl, BME, EDTA, PEG 8000, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月28日 / 詳細: varimax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 9083 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 0.998
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Num. unique all: 893 / Χ2: 0.706 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 1RTC

1rtc


解像度: 2.5→25.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / WRfactor Rfree: 0.244 / WRfactor Rwork: 0.188 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.832 / SU B: 19.935 / SU ML: 0.214 / SU R Cruickshank DPI: 1.591 / SU Rfree: 0.335 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.561 / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 467 5.2 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.198 8936 98.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.14 Å2 / Biso mean: 25.539 Å2 / Biso min: 5.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.62 Å20 Å2-1.09 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2024 0 21 20 2065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222089
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.9592844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8823.0013348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2845256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86523.301103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.08415324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5021519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.21473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21063
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21109
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.190.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.37331381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.253518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1952069
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6347898
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.06611775
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 33 -
Rwork0.248 586 -
all-619 -
obs--94.5 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.831 Å / Origin y: 0.6917 Å / Origin z: 8.0857 Å
111213212223313233
T-0.035 Å2-0.0322 Å20.0135 Å2--0.029 Å2-0.014 Å2---0.0391 Å2
L2.0249 °2-0.8068 °20.3285 °2-1.6659 °2-0.1689 °2--1.2561 °2
S-0.0313 Å °0.0118 Å °0.0725 Å °0.0997 Å °0.0112 Å °-0.021 Å °0.0044 Å °0.1251 Å °0.0201 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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