ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.2.0019精密化 HKL-2000データ収集 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング AMoRE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB entry 3DMV解像度 : 2→51.99 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.946 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.928 / SU B : 3.302 / SU ML : 0.095 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.177 / ESU R Free : 0.152 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.21358 698 5.1 % RANDOM Rwork 0.17777 - - - obs 0.17965 12909 98.16 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 20.992 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.1 Å2 -0.05 Å2 0 Å2 2- - -0.1 Å2 0 Å2 3- - - 0.15 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2→51.99 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1320 0 39 205 1564
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.022 1377 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.02 1.979 1855 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg4.728 5 168 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg30.907 23.492 63 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg11.895 15 254 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg13.502 15 13 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.065 0.2 202 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.003 0.02 1016 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.189 0.2 662 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.293 0.2 940 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.139 0.2 182 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.193 0.2 51 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.185 0.2 21 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.564 1.5 854 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it0.945 2 1319 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.5 3 617 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.431 4.5 533 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 2→2.052 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.303 46 - Rwork 0.189 853 - obs - - 96.46 %