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- PDB-3d2i: Crystal structure of mouse Aurora A (Asn186->Gly, Lys240->Arg, Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d2i
タイトルCrystal structure of mouse Aurora A (Asn186->Gly, Lys240->Arg, Met302->Leu) in complex with 1-{5-[2-(1-methyl-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-7-ylamino)-ethyl]-thiazol-2-yl}-3-(3-trifluoromethyl-phenyl)-urea
要素serine/threonine kinase 6
キーワードTRANSFERASE / Aurora A / small-molecule inhibitor / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / AURKA Activation by TPX2 / meiotic spindle organization / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / AURKA Activation by TPX2 / meiotic spindle organization / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / meiotic spindle / mitotic centrosome separation / germinal vesicle / centrosome cycle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / microtubule organizing center / neuron projection extension / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / spindle midzone / centriole / positive regulation of mitotic cell cycle / mitotic spindle organization / ciliary basal body / meiotic cell cycle / regulation of cytokinesis / liver regeneration / regulation of protein stability / spindle microtubule / mitotic spindle / kinetochore / spindle pole / response to wounding / microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / basolateral plasma membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / phosphorylation / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aurora kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Aurora kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AK3 / Aurora kinase A / Aurora kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Oslob, J.D. / Yu, C. / Romanowski, M.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Discovery of Aurora-A-selective inhibitors
著者: Oslob, J.D. / Yu, C. / Allen, D.A. / Baskaran, S. / Maung, J. / Michelotti, E.F. / Elling, R.A. / Romanowski, M.J.
履歴
登録2008年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: serine/threonine kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0122
ポリマ－31,5491
非ポリマー4621
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.920, 82.920, 171.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 serine/threonine kinase 6


分子量: 31549.174 Da / 分子数: 1 / 断片: Aurora A kinase domain, UNP residues 116-382 / 変異: N186G, K240R, M302L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: N-TERMINAL GST FUSION PROTEIN / 遺伝子: Aurka, Stk6 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star
参照: UniProt: Q8C3H8, UniProt: P97477*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-AK3 / 1-(5-{2-[(1-methyl-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-7-yl)amino]ethyl}-1,3-thiazol-2-yl)-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea


分子量: 462.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17F3N8OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: Protein @ 8.5 mg/ml in 50 mM Tris pH 7.0, 200 mM NaCl, 3 mM DTT; hanging-drop vapor diffusion; mother liquor: 0.1 M bis-Tris propane pH 7.0 and 35% tacsimate; temperature: 293K; ...詳細: Protein @ 8.5 mg/ml in 50 mM Tris pH 7.0, 200 mM NaCl, 3 mM DTT; hanging-drop vapor diffusion; mother liquor: 0.1 M bis-Tris propane pH 7.0 and 35% tacsimate; temperature: 293K; cryoprotectant: tacsimate; crystal frozen by immersion in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 160 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月22日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 9200 / Num. obs: 8941 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3D14

3d14


解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 19.793 / SU ML: 0.373 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.478 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29839 590 7.3 %RANDOM
Rwork0.24065 ---
obs0.24492 7469 97.34 %-
all-8319 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.915 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.88 Å2-0.94 Å20 Å2
2---1.88 Å20 Å2
3---2.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2058 0 32 35 2125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.9742913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1185253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84522.718103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.74215349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8041518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1760.2912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.21446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0990.280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.782.51291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.09752038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4212.5992
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3665874
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 48 -
Rwork0.294 723 -
obs--98.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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