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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ci4 | ||||||
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タイトル | Structure of the PduO-type ATP:co(I)rrinoid adenosyltransferase from Lactobacillus reuteri complexed with four-coordinate cob(II)inamide and ATP | ||||||
要素 | Cobalamin adenosyltransferase PduO-like protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / adenosyltransferase variant / ATP binding / corrin binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 corrinoid adenosyltransferase / corrinoid adenosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactobacillus reuteri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Maurice, M.St. / Mera, P.E. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008 タイトル: Structural characterization of a human-type corrinoid adenosyltransferase confirms that coenzyme B12 is synthesized through a four-coordinate intermediate. 著者: St Maurice, M. / Mera, P. / Park, K. / Brunold, T.C. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ci4.cif.gz | 58.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ci4.ent.gz | 40.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ci4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ci4_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ci4_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3ci4_validation.xml.gz | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ci4_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/3ci4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/3ci4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 22382.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus reuteri (バクテリア) 株: CRL1098 / 遺伝子: cobA / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50EJ2, corrinoid adenosyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 89分子
#2: 化合物 | ChemComp-K / |
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#5: 化合物 | ChemComp-CBY / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: ANOXIC, 13% PEG 8000, 0.1 M MES, 200 mM KCl, 33 ug/mL FMN reductase, 20 mM NADH, 2 mM FMN, 2 mM dicyanocobinamide, 2 mM MgCl2, 2 mM ATP, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月25日 / 詳細: Montel |
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 13603 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 最高解像度: 2 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 3.579 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.122 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.191 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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