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万見
- PDB-3c4f: FGFR TYROSINE KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH 3-(3-methoxybenzyl)-7... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c4f
タイトルFGFR TYROSINE KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH 3-(3-methoxybenzyl)-7-azaindole
要素Basic fibroblast growth factor receptor 1
キーワードTRANSFERASE / FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR / TYROSINE KINASE DOMAIN / RECEPTOR TYROSINE KINASE / FGFR1 / FGFR / Alternative splicing / ATP-binding / Chromosomal rearrangement / Disease mutation / Dwarfism / Glycoprotein / Heparin-binding / Immunoglobulin domain / Kallmann syndrome / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / ventricular zone neuroblast division / diphosphate metabolic process / vitamin D3 metabolic process / regulation of phosphate transport ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / ventricular zone neuroblast division / diphosphate metabolic process / vitamin D3 metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / cementum mineralization / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / response to sodium phosphate / receptor-receptor interaction / auditory receptor cell development / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / chordate embryonic development / fibroblast growth factor receptor activity / positive regulation of parathyroid hormone secretion / branching involved in salivary gland morphogenesis / positive regulation of phospholipase activity / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / lung-associated mesenchyme development / FGFR1b ligand binding and activation / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / cell projection assembly / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / skeletal system morphogenesis / outer ear morphogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / middle ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / inner ear morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / midbrain development / cardiac muscle cell proliferation / fibroblast growth factor binding / regulation of cell differentiation / positive regulation of stem cell proliferation / PI-3K cascade:FGFR1 / Formation of paraxial mesoderm / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI3K Cascade / epithelial to mesenchymal transition / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / chondrocyte differentiation / calcium ion homeostasis / SHC-mediated cascade:FGFR1 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cell maturation / FRS-mediated FGFR1 signaling / positive regulation of neuron differentiation / Signaling by FGFR1 in disease / SH2 domain binding / NCAM signaling for neurite out-growth / stem cell proliferation / skeletal system development / Signal transduction by L1 / stem cell differentiation / positive regulation of cell differentiation / sensory perception of sound / Negative regulation of FGFR1 signaling / positive regulation of MAP kinase activity / neuron migration / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / MAPK cascade / neuron projection development / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / gene expression / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / in utero embryonic development / protein autophosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(3-methoxybenzyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Zhang, K.Y.J. / Wang, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Discovery of a selective inhibitor of oncogenic B-Raf kinase with potent antimelanoma activity
著者: Tsai, J. / Lee, J.T. / Wang, W. / Zhang, J. / Cho, H. / Mamo, S. / Bremer, R. / Gillette, S. / Kong, J. / Haass, N.K. / Sproesser, K. / Li, L. / Smalley, K.S. / Fong, D. / Zhu, Y.L. / ...著者: Tsai, J. / Lee, J.T. / Wang, W. / Zhang, J. / Cho, H. / Mamo, S. / Bremer, R. / Gillette, S. / Kong, J. / Haass, N.K. / Sproesser, K. / Li, L. / Smalley, K.S. / Fong, D. / Zhu, Y.L. / Marimuthu, A. / Nguyen, H. / Lam, B. / Liu, J. / Cheung, I. / Rice, J. / Suzuki, Y. / Luu, C. / Settachatgul, C. / Shellooe, R. / Cantwell, J. / Kim, S.H. / Schlessinger, J. / Zhang, K.Y. / West, B.L. / Powell, B. / Habets, G. / Zhang, C. / Ibrahim, P.N. / Hirth, P. / Artis, D.R. / Herlyn, M. / Bollag, G.
履歴
登録2008年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic fibroblast growth factor receptor 1
B: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4524
ポリマ－68,9752
非ポリマー4772
水6,413356
1
A: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7262
ポリマ－34,4881
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7262
ポリマ－34,4881
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子

A: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4524
ポリマ－68,9752
非ポリマー4772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.190, 57.623, 65.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Basic fibroblast growth factor receptor 1 / FGFR-1 / bFGF-R / Fms-like tyrosine kinase 2 / c-fgr / CD331 antigen


分子量: 34487.730 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN / 変異: C488A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR1, FGFBR, FLG, FLT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-C4F / 3-(3-methoxybenzyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine / 3-(3-メトキシベンジル)-7-アザ-1H-インド-ル


分子量: 238.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG10k, 0.3M (NH4)2SO4, 5% Ethylene Glycol, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 44044 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 1914 / Rsym value: 0.793 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.25精密化
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 6.242 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26436 2167 5.1 %RANDOM
Rwork0.21063 ---
obs0.2133 40646 94.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.42 Å20 Å2-0.79 Å2
2--3.85 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4639 0 36 356 5031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224776
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5921.9816450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.936310252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1965576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02924
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2989
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2270.24954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22823
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2730.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7291.52896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35424678
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.91331880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2134.51772
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.124 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.352 184
Rwork0.305 2939

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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