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- PDB-3c0g: CASK CaM-Kinase Domain- 3'-AMP complex, P1 form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c0g
タイトルCASK CaM-Kinase Domain- 3'-AMP complex, P1 form
要素Peripheral plasma membrane protein CASK
キーワードTRANSFERASE / CASK / neurexin / Ca2+/calmodulin dependent protein kinase / Mg2+ / synaptic plasticity / pseudokinase / MAGUK / membrane-associated guanylate kinase / ATP-binding / Calmodulin-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Serine/threonine-protein kinase / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / guanylate kinase activity / neurexin family protein binding / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of wound healing / nuclear lamina / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calcium ion import / Neurexins and neuroligins ...negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / guanylate kinase activity / neurexin family protein binding / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of wound healing / nuclear lamina / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calcium ion import / Neurexins and neuroligins / Nephrin family interactions / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / ciliary membrane / regulation of synaptic vesicle exocytosis / Syndecan interactions / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of calcium ion import / basement membrane / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of localization in cell / Schaffer collateral - CA1 synapse / nuclear matrix / cell-cell junction / protein localization / actin cytoskeleton / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / vesicle / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / cell adhesion / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / signaling receptor binding / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CASK, SH3 domain / : / L27 domain, C-terminal / L27 domain / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. ...CASK, SH3 domain / : / L27 domain, C-terminal / L27 domain / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3AM / Peripheral plasma membrane protein CASK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: CASK Functions as a Mg2+-independent neurexin kinase
著者: Mukherjee, K. / Sharma, M. / Urlaub, H. / Bourenkov, G.P. / Jahn, R. / Sudhof, T.C. / Wahl, M.C.
履歴
登録2008年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peripheral plasma membrane protein CASK
B: Peripheral plasma membrane protein CASK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2094
ポリマ－78,5142
非ポリマー6942
水4,540252
1
A: Peripheral plasma membrane protein CASK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6042
ポリマ－39,2571
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peripheral plasma membrane protein CASK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6042
ポリマ－39,2571
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.328, 60.267, 60.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.49, 105.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 6 - 304 / Label seq-ID: 20 - 318

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Peripheral plasma membrane protein CASK / hCASK / Calcium/calmodulin-dependent serine protein kinase / Lin-2 homolog


分子量: 39257.121 Da / 分子数: 2 / 断片: CaM-Kinase Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASK / プラスミド: pGEX-6T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O14936, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-3AM / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate / 3'-AMP / アデノシン3′-りん酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 12.5%(v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月29日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→30 Å / Num. obs: 32667 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.19→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4046 / Rsym value: 0.427 / % possible all: 76.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: rat CamKI

解像度: 2.19→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 17.385 / SU ML: 0.224 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26969 1576 4.9 %RANDOM
Rwork0.20754 ---
obs0.21074 30426 86.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.058 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.79 Å20.42 Å20.57 Å2
2---1.04 Å20.06 Å2
3----2.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5010 0 46 252 5308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1451.9767079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2755637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96622.739230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.92315926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8181540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.22443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.23533
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.03643245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.17765097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.27242257
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.28261982
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2388 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.290.5
medium thermal0.552
LS精密化 シェル解像度: 2.188→2.244 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 84 -
Rwork0.278 1414 -
obs--54.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46030.3329-0.97072.7703-1.55293.9810.0833-0.08330.13450.34360.01260.1193-0.4485-0.3284-0.0958-0.11310.0762-0.0155-0.1686-0.0356-0.15520.78911.9885-0.0971
21.7818-0.6148-1.45632.46411.29944.67290.19030.15550.0883-0.5479-0.0227-0.0564-0.69210.1087-0.1676-0.04410.0018-0.0172-0.21980.0331-0.180128.1734-21.0164-24.9295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 9520 - 109
2X-RAY DIFFRACTION1AA96 - 322110 - 336
3X-RAY DIFFRACTION2BB5 - 9519 - 109
4X-RAY DIFFRACTION2BB96 - 324110 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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