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- PDB-3bqd: Doubling the Size of the Glucocorticoid Receptor Ligand Binding P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bqd
タイトルDoubling the Size of the Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Pocket by Deacylcortivazol
要素
  • Glucocorticoid receptor
  • Nuclear receptor coactivator 1
キーワードPROTEIN BINDING / GLUCOCORTICOID RECEPTOR / deacylcortivazol / SRC1 / nuclear receptor coactivator 1 isoform 1 / DIMER INTERFACE / HORMONE BINDING POCKET / CHARGE CLAMP / COACTIVATOR / Alternative initiation / Alternative splicing / Chromatin regulator / Cytoplasm / Disease mutation / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Pseudohermaphroditism / Steroid-binding / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / Zinc / Zinc-finger / Acyltransferase / Chromosomal rearrangement / Proto-oncogene / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior / astrocyte differentiation / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / adrenal gland development / histone H3K4 acetyltransferase activity / regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucocorticoid stimulus / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / cellular response to steroid hormone stimulus / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / male mating behavior / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / hypothalamus development / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / motor behavior / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / nuclear retinoid X receptor binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / response to retinoic acid / estrous cycle / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / lactation / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / cellular response to dexamethasone stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / response to progesterone / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / cerebellum development / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Hsp90 protein binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / spindle / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DAY / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xu, H.E.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2008
タイトル: Doubling the size of the glucocorticoid receptor ligand binding pocket by deacylcortivazol.
著者: Suino-Powell, K. / Xu, Y. / Zhang, C. / Tao, Y.G. / Tolbert, W.D. / Simons, S.S. / Xu, H.E.
履歴
登録2007年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5773
ポリマ－31,0882
非ポリマー4891
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.800, 93.800, 130.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 29587.412 Da / 分子数: 1
断片: glucocorticoid receptor ligand binding domain (residues 525-777)
変異: F602S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / プラスミド: pET24 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04150
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1 / RIP160 / Protein Hin-2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52


分子量: 1500.715 Da / 分子数: 1
断片: nuclear receptor coactivator 1 isoform 1 coactivator motif (residues 739-751)
由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide derived from gene sequence / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-DAY / 1-[(1R,2R,3aS,3bS,10aR,10bS,11S,12aS)-1,11-dihydroxy-2,5,10a,12a-tetramethyl-7-phenyl-1,2,3,3a,3b,7,10,10a,10b,11,12,12a-dodecahydrocyclopenta[5,6]naphtho[1,2-f]indazol-1-yl]-2-hydroxyethanone / Deacylcortivazol / 11beta,17,21-Trihydroxy-6,16alpha-dimethyl-2'-phenyl-2'H-pregna-2,4,6-trieno(3,2-c)pyrazol-20-one / 2'H-Pregna-2,4,6-trieno(3,2-c)pyrazol-20-one / 11,17,21-trihydroxy-6,16-dimethyl-2'-phenyl-(11beta,16alpha)-(9CI) / 6,16A-DIMETHYLPREGNA-4,6-DIENE-11B,17A,21-TRIOL-20-ONE-2'-PHENYL-(3,2-C)- PYRAZO / デアシルコルチバゾ-ル


分子量: 488.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H36N2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, 8% glycerol, 3 mM n-hexadecyl-beta-maltoside, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月30日 / 詳細: monochromator Si 1 1 1
放射モノクロメーター: Si 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 22367 / Num. obs: 20243 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rsym value: 9.9 / Net I/σ(I): 32.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M2Z

1m2z


解像度: 2.5→40.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 98101 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1583 7.8 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 20243 90.2 %-
all-22437 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.1975 Å2 / ksol: 0.334263 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.17 Å220.47 Å20 Å2
2--18.17 Å20 Å2
3----36.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.72 Å0.78 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2149 0 36 63 2248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.475 186 7.2 %
Rwork0.483 2405 -
obs--69.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dac.pardac.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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