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万見
- PDB-3bnz: Crystal structure of Thymidylate Synthase ternary complex with dU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bnz
タイトルCrystal structure of Thymidylate Synthase ternary complex with dUMP and 8A inhibitor
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / Thymidylate Synthase / Methyltransferase / Nucleotide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C16 / PHOSPHATE ION / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Leone, R. / Cancian, L. / Luciani, R. / Ferrari, S. / Costi, M.P. / Mangani, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Identification of the binding modes of N-phenylphthalimides inhibiting bacterial thymidylate synthase through X-ray crystallography screening
著者: Mangani, S. / Cancian, L. / Leone, R. / Pozzi, C. / Lazzari, S. / Luciani, R. / Ferrari, S. / Costi, M.P.
履歴
登録2007年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2964
ポリマ－36,6301
非ポリマー6653
水1,31573
1
A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5928
ポリマ－73,2612
非ポリマー1,3316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area6270 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.563, 76.563, 213.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-383-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase / TS / TSase


分子量: 36630.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00469, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#4: 化合物 ChemComp-C16 / 4-(4-methyl-1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)benzonitrile


分子量: 262.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H10N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100mM (NH4)H2PO4/(NH4)2HPO4, 5% v/v PEG 400, 20mM Tris-HCl buffer pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.468 Å / Num. all: 12116 / Num. obs: 11978 / Biso Wilson estimate: 59.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rsym value: 0.169
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.418 / Num. unique all: 1715 / Rsym value: 0.418

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LCA

1lca


解像度: 2.6→36.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.305 / ESU R Free: 0.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32347 568 4.8 %RANDOM
Rwork0.21414 ---
obs0.21913 11341 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.236 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→36.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2565 0 45 73 2683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1691.9593690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5295313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.32523.897136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.85215432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6981512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2880.21359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.21748
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3120.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3230.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8341.51570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54922539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00231141
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.084.51151
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 39 -
Rwork0.284 819 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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