PDB-3ben: Structure of N-(12-imidazolyl-dodecanoyl)-L-leucine inhibitor bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ben

タイトル

Structure of N-(12-imidazolyl-dodecanoyl)-L-leucine inhibitor bound to the heme domain of Cytochrome P450-BM3

要素

Cytochrome P450 102

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PROTEIN-SUBSTRATE COMPLEX / HEMEPROTEIN / Electron transport / FAD / Flavoprotein / FMN / Iron / Membrane / Metal-binding / Monooxygenase / Multifunctional enzyme / NADP / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus megaterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Tomchick, D.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of inhibitor-bound P450BM-3 reveals open conformation of substrate access channel.
著者: Haines, D.C. / Chen, B. / Tomchick, D.R. / Bondlela, M. / Hegde, A. / Machius, M. / Peterson, J.A.

履歴

登録	2007年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ben.cif.gz	227 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ben.ent.gz	180.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ben.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3ben ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3ben	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jpzS 1bu7 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6h1s-1 4duf-2 6l1a-1 4dtw-2 4dtz-1 3npl-1 3dgi-1 4due-1 4kpb-2 6js8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (14) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (10) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 102

B: Cytochrome P450 102

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Cytochrome P450 102

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cytochrome P450 102

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.820, 148.209, 63.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cytochrome P450 102 分子量: 53671.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 遺伝子: CYP102A1, cyp102 / プラスミド: PPROEX-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5(ALPHA)F'IQ / 参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 910分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-LEH / N-[12-(1H-imidazol-1-yl)dodecanoyl]-L-leucine タイプ: L-peptide linking / 分子量: 379.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₇N₃O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 904 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 11% (w/v) PEG-3350, 200 mM magnesium chloride, 7.5% (v/v) glycerol, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97959 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2004年6月10日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→35.2 Å / Num. all: 125826 / Num. obs: 125826 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 17.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 26.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 5307 / % possible all: 81.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1JPZ

1jpz

解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.927 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19125	3825	3 %	RANDOM
R_work	0.16122	-	-	-
all	0.16214	121940	-	-
obs	0.16214	121940	97.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.795 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.12 Å²	0 Å²	-0.11 Å²
2-	-	-0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.71 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.053 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7332	0	153	904	8389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	8005
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	2.043	10905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.855	5	959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.2	24.947	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.251	15	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.036	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6177
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	5561
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.184	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.464	2	4817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.095	3	7638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.842	2	3559
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.752	3	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	245	-
R_work	0.168	7694	-
obs	-	3825	83.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8834	0.1421	-0.3575	0.7203	-0.0142	3.1705	0.0128	-0.2864	0.1634	0.0621	-0.058	-0.0123	-0.0674	0.0324	0.0452	0.0107	-0.0021	0.0206	0.0961	-0.0603	0.0049	13.2259	15.7278	28.721
2	0.857	0.4983	0.2295	0.7406	0.1586	0.2922	0.0446	-0.0667	-0.0784	0.0744	0.0049	0.013	0.0135	0.0363	-0.0494	0.027	0.0027	0.0188	0.0268	0.0192	0.0286	20.3748	-6.4483	11.3604
3	2.0558	0.2552	-1.0666	2.0621	0.5948	4.8175	0.2702	-0.4128	-0.119	0.4918	-0.0532	-0.0178	0.0758	-0.2086	-0.217	0.1347	-0.0807	-0.0607	0.0627	0.1106	-0.0052	25.6074	-11.3544	27.9506
4	3.5036	1.0678	-0.9503	0.9283	-0.3931	1.5366	-0.0734	0.1664	-0.3524	-0.067	0.0419	-0.1949	0.1909	-0.0149	0.0314	0.0412	0.0046	0.0054	0.0167	-0.0033	0.0644	33.2715	-7.6817	9.7155
5	1.0051	0.2608	0.3522	0.4944	0.2505	0.6412	0.001	-0.053	0.1067	-0.0481	-0.0143	0.0032	-0.0945	-0.039	0.0134	0.0494	0.0086	0.018	0.0484	0.0069	0.0191	8.7808	6.7671	7.905
6	1.4244	0.7241	0.5838	0.7942	0.5116	0.6137	-0.0445	0.073	0.0376	-0.0996	0.062	0.0451	-0.0919	0.0227	-0.0175	0.0569	-0.005	0.0096	0.059	0.0115	0.0216	14.6547	1.3886	4.2478
7	1.4751	0.673	0.2876	1.9784	0.8477	1.7481	0.0196	-0.0724	-0.1505	0.0643	-0.0144	0.0575	0.1139	0.0085	-0.0052	0.048	0.0086	0.0072	0.0685	0.0354	0.0368	-0.4233	-9.1885	12.6617
8	1.5416	-0.0665	0.4572	0.7718	-0.5038	3.1706	0.0192	0.2491	-0.1257	-0.1054	-0.0477	-0.0293	0.1618	0.2229	0.0285	0.0397	0.0028	-0.0047	0.0868	-0.0479	0.0045	-6.8971	7.8318	-31.2498
9	0.8338	-0.6489	-0.1446	0.8259	0.1461	0.1493	-0.0225	0.0084	0.0726	-0.0697	0.0121	0.0106	-0.0172	0.0715	0.0104	0.0305	-0.0076	-0.0117	0.0326	-0.0047	0.015	3.4201	25.8183	-12.4669
10	2.3997	0.5229	0.4737	1.5018	0.2123	0.519	0.0067	0.1592	0.247	-0.1218	0.0043	-0.0281	-0.0701	-0.0042	-0.011	0.0457	0.0198	-0.0171	0.0068	-0.0151	0.0822	-7.4158	40.7813	-13.645
11	2.5747	-0.4245	1.1923	2.2589	0.6688	4.1929	0.305	0.6335	0.2777	-0.6	-0.1062	0.0367	-0.0595	-0.0415	-0.1988	0.124	0.0808	0.0449	0.0514	0.1417	-0.009	5.6356	35.3492	-29.8826
12	3.295	-1.1061	0.9565	1.1659	-0.0679	1.4278	-0.1319	-0.212	0.4915	0.0704	0.0431	-0.2368	-0.1354	0.0182	0.0888	0.0181	-0.0121	0.0018	0.0026	-0.0117	0.0941	13.4328	31.7236	-11.0275
13	0.9103	-0.3351	-0.0868	0.6055	0.0879	0.4058	-0.0186	-0.0533	-0.0204	0.006	0.0179	0.0587	0.0058	-0.0063	0.0006	0.0391	-0.0023	-0.0025	0.0461	-0.0101	0.0259	-11.0219	19.2256	-10.3185
14	1.875	-0.9092	-0.3187	2.8968	2.284	5.1783	-0.1233	-0.2089	0.2062	0.03	0.0785	0.0215	-0.2962	0.1051	0.0449	0.0812	0.0038	-0.0033	0.062	-0.0287	0.1181	-20.2753	37.2823	-8.3224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 58	5 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	59 - 168	60 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	169 - 226	170 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	227 - 268	228 - 269
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	269 - 381	270 - 382
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	382 - 420	383 - 421
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	421 - 457	422 - 458
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	1 - 58	2 - 59
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	59 - 134	60 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	135 - 170	136 - 171
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	171 - 224	172 - 225
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	225 - 268	226 - 269
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	269 - 439	270 - 440
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	440 - 457	441 - 458

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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