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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3arx | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Chitinase A from Vibrio harveyi with novel inhibitors - complex structure with Propentofylline | ||||||
![]() | Chitinase A | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TIM BARREL / INHIBITOR COMPLEX / GLYCOSIDASE / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pantoom, S. / Vetter, I.R. / Prinz, H. / Suginta, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Potent family-18 chitinase inhibitors: x-ray structures, affinities, and binding mechanisms 著者: Pantoom, S. / Vetter, I.R. / Prinz, H. / Suginta, W. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of Vibrio harveyi chitinase A complexed with chitooligosaccharides: implications for the catalytic mechanism 著者: Songsiriritthigul, C. / Pantoom, S. / Aguda, A.H. / Robinson, R.C. / Suginta, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3aroC ![]() 3arpC ![]() 3arqC ![]() 3arrC ![]() 3arsC ![]() 3artC ![]() 3aruC ![]() 3arvC ![]() 3arwC ![]() 3aryC ![]() 3arzC ![]() 3as0C ![]() 3as1C ![]() 3as2C ![]() 3as3C ![]() 3b9aS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63841.770 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 22-597 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 16%(W/V) PEG 4000, 21%(v/v) propanol, 0.1M Na-Acetate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.16→40.656 Å / Num. obs: 204668 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 15.495 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3b9a 解像度: 1.16→40.656 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1852 / WRfactor Rwork: 0.1606 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8915 / SU B: 0.523 / SU ML: 0.025 / SU R Cruickshank DPI: 0.0349 / SU Rfree: 0.0378 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.51 Å2 / Biso mean: 17.4306 Å2 / Biso min: 4.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.16→40.656 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.16→1.19 Å / Total num. of bins used: 20
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