PDB-3any: Crystal structure of ethanolamine ammonia-lyase from escherichia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3any

タイトル

Crystal structure of ethanolamine ammonia-lyase from escherichia coli complexed with CN-CBL and (R)-2-amino-1-propanol

要素

Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
Ethanolamine ammonia-lyase light chain

キーワード

LYASE / (BETA/ALPHA)8 FOLD / COBALT / COBALAMIN / Tim Barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine ammonia-lyase / ethanolamine ammonia-lyase activity / ethanolamine ammonia-lyase complex / ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / cobalamin binding / amino acid metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Shibata, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: How coenzyme B12-dependent ethanolamine ammonia-lyase deals with both enantiomers of 2-amino-1-propanol as substrates: structure-based rationalization.
著者: Shibata, N. / Higuchi, Y. / Toraya, T.

履歴

登録	2010年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月24日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3any.cif.gz	562.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3any.ent.gz	466.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3any.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3any_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3any_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3any_validation.xml.gz	58 KB	表示
CIF形式データ	3any_validation.cif.gz	82 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/3any ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/3any	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ao0C 3abrS 3abo 3abq 3abs S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3abr-d 3abo-d 5ysn-d 5ysr-d 4uir-d 3ao0-d 2zxh-d 4l97-2 3abs-d 3abq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain

B: Ethanolamine ammonia-lyase light chain

C: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain

D: Ethanolamine ammonia-lyase light chain

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	244.073, 244.073, 76.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / Ethanolamine ammonia-lyase large subunit 分子量: 49447.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eutB, b2441, JW2434 / プラスミド: PUSI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0AEJ6, ethanolamine ammonia-lyase
#2: タンパク質	Ethanolamine ammonia-lyase light chain / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit 分子量: 28769.021 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 44-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eutC, b2440, JW2433 / プラスミド: PUSI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P19636, ethanolamine ammonia-lyase
#3: 化合物	ChemComp-2A3 / (2R)-2-aminopropan-1-ol / (R)-2-アミノ-1-プロパノ-ル分子量: 75.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO
#4: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.93 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 6.0-7.0% (W/V) PEG 4000, 24-26 % (V/V), GLYCEROL, 1.0% (V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD), 0.1M IMIDAZOLE-HCL , pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9
検出器	タイプ: BRUCKER DIP-6040 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月5日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48 Å / Num. all: 141897 / Num. obs: 141897 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BSS		データ収集
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3ABR

3abr

解像度: 2.1→47.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 12.178 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	7043	5 %	RANDOM
R_work	0.246	-	-	-
all	0.248	134843	-	-
obs	0.248	134843	92.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.579 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0.14 Å²	0 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10760	0	192	711	11663

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	11177
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.83	1.991	15211
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.396	5	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.452	24.356	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.312	15	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.673	15	85
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.22	0.2	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.892	1.5	7010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.419	2	11279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.745	3	4167
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4	4.5	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1776	tight positional	0.06	0.05
1	1	C	1594	medium positional	0.27	0.5
2	2	B	1118	medium positional	0.44	0.5
2	2	D	685	loose positional	0.33	5
1	1	A	1776	tight thermal	0.31	0.5
1	1	C	1594	medium thermal	0.37	2
2	2	B	1118	medium thermal	4.18	2
2	2	D	685	loose thermal	4.76	10

LS精密化シェル

解像度: 2.099→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	483	-
R_work	0.294	9694	-
obs	-	-	90.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3576	-0.2099	-0.0877	1.7312	0.0154	0.245	0.0434	0.0183	-0.1124	-0.2225	0.0171	0.4819	0.0202	0.0428	-0.0605	0.0892	-0.0498	-0.0946	0.1196	0.0071	0.183	94.556	-95.197	-8.388
2	0.7199	0.2601	-0.3354	1.8663	0.0286	0.3951	0.0713	0.2135	-0.1444	-0.8112	-0.1196	0.9793	-0.0769	-0.0562	0.0484	0.5017	0.0132	-0.5875	0.2208	-0.1055	0.7391	74.4103	-100.8994	-27.4698
3	0.4062	-0.2993	0.0466	1.8485	-0.0529	0.4404	0.0204	0.0104	-0.0826	0.0324	0.0417	0.5814	-0.0789	0.0023	-0.0621	0.0835	-0.0199	0.0109	0.0916	0.0374	0.205	86.535	-60.049	-2.636
4	0.7719	-0.1919	-0.0945	2.1858	-0.1935	1.2703	0.0097	-0.11	-0.1868	0.756	0.272	1.3208	-0.212	-0.2574	-0.2817	0.3161	0.0854	0.5221	0.1977	0.2088	0.9404	65.589	-63.866	15.697

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 453
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	44 - 295
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 453
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	44 - 295

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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