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万見
- PDB-3a9z: Crystal structure of ras selenocysteine lyase in complex with sel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a9z
タイトルCrystal structure of ras selenocysteine lyase in complex with selenopropionate
要素Selenocysteine lyase
キーワードLYASE / selenocysteine / PLP / Pyridoxal phosphate / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin B6 binding / negative regulation of cellular response to oxidative stress / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / selenocysteine catabolic process / selenium compound metabolic process / selenocysteine lyase / selenocysteine lyase activity / amino acid binding / catalytic complex / response to insulin ...vitamin B6 binding / negative regulation of cellular response to oxidative stress / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / selenocysteine catabolic process / selenium compound metabolic process / selenocysteine lyase / selenocysteine lyase activity / amino acid binding / catalytic complex / response to insulin / lipid metabolic process / transferase activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #50 / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #50 / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / 3-selanylpropanoic acid / Selenocysteine lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Omi, R. / Hirotsu, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Reaction mechanism and molecular basis for selenium/sulfur discrimination of selenocysteine lyase.
著者: Omi, R. / Kurokawa, S. / Mihara, H. / Hayashi, H. / Goto, M. / Miyahara, I. / Kurihara, T. / Hirotsu, K. / Esaki, N.
履歴
登録2009年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月30日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Selenocysteine lyase
B: Selenocysteine lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6168
ポリマ－94,6262
非ポリマー9906
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area29170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.416, 101.206, 197.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Selenocysteine lyase


分子量: 47312.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Scly / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q68FT9, selenocysteine lyase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-SLP / 3-selanylpropanoic acid


分子量: 153.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2Se
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 1.5M ammonium dihydrogen phosphate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32B2 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 159678
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Num. unique all: 15114

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→19.99 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 15884 -random
Rwork0.187 ---
obs0.187 159477 98.6 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6139 0 52 527 6718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.76
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Num. reflection Rfree: 2516 / Rfactor Rfree error: 0.005

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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