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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a3i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of penicillin binding protein 4 (dacB) from Haemophilus influenzae, complexed with ampicillin (AIX) | ||||||
要素 | Penicillin-binding protein 4 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/ANTIBIOTIC / Penicillin Binding Protein 4 / PBP4 / dacB / HYDROLASE / HYDROLASE-ANTIBIOTIC COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kawai, F. / Roper, D.I. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Crystal structures of penicillin-binding proteins 4 and 5 from Haemophilus influenzae 著者: Kawai, F. / Clarke, T.B. / Roper, D.I. / Han, G.-J. / Hwang, K.Y. / Unzai, S. / Obayashi, E. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a3i.cif.gz | 187.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3a3i.ent.gz | 155.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a3i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3a3i_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3a3i_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3a3i_validation.xml.gz | 38.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3a3i_validation.cif.gz | 55.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/3a3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/3a3i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49789.945 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-479 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: dacB / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star/pLysS 参照: UniProt: A8E0K8, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 6000 and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 74735 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 70.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→31.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.515 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.243 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→31.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.997→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
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