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- EMDB-3951: Reaction centre light harvesting complex 1 from Blc. viridis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3951
タイトルReaction centre light harvesting complex 1 from Blc. viridis
マップデータCryo-EM images of Reaction centre-light harvesting complex 1 (RC-LH1) from Blc. viridis were processed using RELION 2.0. The 3D cryo-EM map was produced after Post-processing to 2.87 Angstrom.
試料
  • 複合体: Reaction centre-Light harvesting complex 1 (RC-LH1)
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 10種
キーワードReaction centre light harvesting complex 1 Blc. viridis Cryo-EM RC-LH1 Photosynthesis / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding ...light-harvesting complex / organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Multiheme cytochrome c family profile. / Antenna complex, alpha/beta subunit ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Multiheme cytochrome c family profile. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / Photosynthetic reaction centre, M subunit / PRC-barrel domain / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L subunit / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Light-harvesting protein B-1015 alpha chain / Light-harvesting protein B-1015 beta chain / Light-harvesting protein B-1015 gamma chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Blastochloris viridis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Qian P / Siebert CA
資金援助1件
OrganizationGrant number国
European Research Council
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the Blastochloris viridis LH1-RC complex at 2.9 Å.
著者: Pu Qian / C Alistair Siebert / Peiyi Wang / Daniel P Canniffe / C Neil Hunter /
要旨: The light-harvesting 1-reaction centre (LH1-RC) complex is a key functional component of bacterial photosynthesis. Here we present a 2.9 Å resolution cryo-electron microscopy structure of the ...The light-harvesting 1-reaction centre (LH1-RC) complex is a key functional component of bacterial photosynthesis. Here we present a 2.9 Å resolution cryo-electron microscopy structure of the bacteriochlorophyll b-based LH1-RC complex from Blastochloris viridis that reveals the structural basis for absorption of infrared light and the molecular mechanism of quinone migration across the LH1 complex. The triple-ring LH1 complex comprises a circular array of 17 β-polypeptides sandwiched between 17 α- and 16 γ-polypeptides. Tight packing of the γ-apoproteins between β-polypeptides collectively interlocks and stabilizes the LH1 structure; this, together with the short Mg-Mg distances of bacteriochlorophyll b pairs, contributes to the large redshift of bacteriochlorophyll b absorption. The 'missing' 17th γ-polypeptide creates a pore in the LH1 ring, and an adjacent binding pocket provides a folding template for a quinone, Q , which adopts a compact, export-ready conformation before passage through the pore and eventual diffusion to the cytochrome bc complex.
履歴
登録2017年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2018年4月11日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0156
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0156
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6et5
  • 表面レベル: 0.0156
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3951.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3951.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM images of Reaction centre-light harvesting complex 1 (RC-LH1) from Blc. viridis were processed using RELION 2.0. The 3D cryo-EM map was produced after Post-processing to 2.87 Angstrom.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 230 pix.
= 243.8 Å		1.06 Å/pix.
x 230 pix.
= 243.8 Å		1.06 Å/pix.
x 230 pix.
= 243.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0156 / ムービー #1: 0.0156
最小 - 最大-0.020596072 - 0.080156974
平均 (標準偏差)0.0008213509 (±0.0040123253)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ230230230
Spacing230230230
セルA=B=C: 243.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z230230230
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z243.800243.800243.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS230230230
D min/max/mean-0.0210.0800.001

-
添付データ

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ハーフマップ: First half of map from last round of calculation Refine3D in RELION.

ファイルemd_3951_half_map_1.map
注釈First half of map from last round of calculation Refine3D in RELION.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Second half of map from last round of calculation Refine3D in RELION.

ファイルemd_3951_half_map_2.map
注釈Second half of map from last round of calculation Refine3D in RELION.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Reaction centre-Light harvesting complex 1 (RC-LH1)

全体名称: Reaction centre-Light harvesting complex 1 (RC-LH1)
要素
  • 複合体: Reaction centre-Light harvesting complex 1 (RC-LH1)
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein H chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL B
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN B
  • リガンド: Ubiquinone-9
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: 15-cis-1,2-dihydroneurosporene
  • リガンド: all-trans-1,2-dihydroneurosporene

+
超分子 #1: Reaction centre-Light harvesting complex 1 (RC-LH1)

超分子名称: Reaction centre-Light harvesting complex 1 (RC-LH1) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: The protein was isolated from a photosynthetic bacterium Blc. viridis.
由来(天然)生物種: Blastochloris viridis (バクテリア)
分子量理論値: 414 KDa

+
分子 #1: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: reaction centre cytochrome subunit / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris viridis (バクテリア)
分子量理論値: 37.179465 KDa
配列文字列: CFEPPPATTT QTGFRGLSMG EVLHPATVKA KKERDAQYPP ALAAVKAEGP PVSQVYKNVK VLGNLTEAEF LRTMTAITEW VSPQEGCTY CHDENNLASE AKYPYVVARR MLEMTRAINT NWTQHVAQTG VTCYTCHRGT PLPPYVRYLE PTLPLNNRET P THVERVET ...文字列:
CFEPPPATTT QTGFRGLSMG EVLHPATVKA KKERDAQYPP ALAAVKAEGP PVSQVYKNVK VLGNLTEAEF LRTMTAITEW VSPQEGCTY CHDENNLASE AKYPYVVARR MLEMTRAINT NWTQHVAQTG VTCYTCHRGT PLPPYVRYLE PTLPLNNRET P THVERVET RSGYVVRLAK YTAYSALNYD PFTMFLANDK RQVRVVPQTA LPLVGVSRGK ERRPLSDAYA TFALMMSISD SL GTNCTFC HNAQTFESWG KKSTPQRAIA WWGIRMVRDL NMNYLAPLNA SLPASRLGRQ GEAPQADCRT CHQGVTKPLF GAS RLKDYP ELGPIKA

UniProtKB: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

+
分子 #2: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: reaction centre L subunit / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris viridis (バクテリア)
分子量理論値: 30.600299 KDa
配列文字列: MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPY FVGFFGVSAI FFIFLGVSLI GYAASQGPTW DPFAISINPP DLKYGLGAAP LLEGGFWQA ITVCALGAFI SWMLREVEIS RKLGIGWHVP LAFCVPIFMF CVLQVFRPLL LGSWGHAFPY GILSHLDWVN N FGYQYLNW ...文字列:
MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPY FVGFFGVSAI FFIFLGVSLI GYAASQGPTW DPFAISINPP DLKYGLGAAP LLEGGFWQA ITVCALGAFI SWMLREVEIS RKLGIGWHVP LAFCVPIFMF CVLQVFRPLL LGSWGHAFPY GILSHLDWVN N FGYQYLNW HYNPGHMSSV SFLFVNAMAL GLHGGLILSV ANPGDGDKVK TAEHENQYFR DVVGYSIGAL SIHRLGLFLA SN IFLTGAF GTIASGPFWT RGWPEWWGWW LDIPFWS

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #3: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Teaction centre M subunit / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris viridis (バクテリア)
分子量理論値: 35.932188 KDa
配列文字列: ADYQTIYTQI QARGPHITVS GEWGDNDRVG KPFYSYWLGK IGDAQIGPIY LGASGIAAFA FGSTAILIIL FNMAAEVHFD PLQFFRQFF WLGLYPPKAQ YGMGIPPLHD GGWWLMAGLF MTLSLGSWWI RVYSRARALG LGTHIAWNFA AAIFFVLCIG C IHPTLVGS ...文字列:
ADYQTIYTQI QARGPHITVS GEWGDNDRVG KPFYSYWLGK IGDAQIGPIY LGASGIAAFA FGSTAILIIL FNMAAEVHFD PLQFFRQFF WLGLYPPKAQ YGMGIPPLHD GGWWLMAGLF MTLSLGSWWI RVYSRARALG LGTHIAWNFA AAIFFVLCIG C IHPTLVGS WSEGVPFGIW PHIDWLTAFS IRYGNFYYCP WHGFSIGFAY GCGLLFAAHG ATILAVARFG GDREIEQITD RG TAVERAA LFWRWTIGFN ATIESVHRWG WFFSLMVMVS ASVGILLTGT FVDNWYLWCV KHGAAPDYPA YLPATPDPAS LPG APK

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #4: Reaction center protein H chain

分子名称: Reaction center protein H chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Reaction centre H subunit / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris viridis (バクテリア)
分子量理論値: 28.557453 KDa
配列文字列: (FME)YHGALAQHL DIAQLVWYAQ WLVIWTVVLL YLRREDRREG YPLVEPLGLV KLAPEDGQVY ELPYPKTFVL PHGGTV TVP RRRPETRELK LAQTDGFEGA PLQPTGNPLV DAVGPASYAE RAEVVDATVD GKAKIVPLRV ATDFSIAEGD VDPRGLP VV ...文字列:
(FME)YHGALAQHL DIAQLVWYAQ WLVIWTVVLL YLRREDRREG YPLVEPLGLV KLAPEDGQVY ELPYPKTFVL PHGGTV TVP RRRPETRELK LAQTDGFEGA PLQPTGNPLV DAVGPASYAE RAEVVDATVD GKAKIVPLRV ATDFSIAEGD VDPRGLP VV AADGVEAGTV TDLWVDRSEH YFRYLELSVA GSARTALIPL GFCDVKKDKI VVTSILSEQF ANVPRLQSRD QITLREED K VSAYYAGGLL YATPERAESL L

UniProtKB: Reaction center protein H chain

+
分子 #5: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain

分子名称: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: Light harvesting complex 1 alpha subunit / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris viridis (バクテリア)
分子量理論値: 6.984262 KDa
配列文字列:
MATEYRTASW KLWLILDPRR VLTALFVYLT VIALLIHFGL LSTDRLNWWE FQRGLPKAA

UniProtKB: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain

+
分子 #6: Light-harvesting protein B-1015 beta chain

分子名称: Light-harvesting protein B-1015 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: Light harvesting complex 1 beta subunit / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris viridis (バクテリア)
分子量理論値: 6.274327 KDa
配列文字列:
MADLKPSLTG LTEEEAKEFH GIFVTSTVLY LATAVIVHYL VWTARPWIAP IPKGWV

UniProtKB: Light-harvesting protein B-1015 beta chain

+
分子 #7: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain

分子名称: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: Light harvesting complex 1 gamma subunit / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris viridis (バクテリア)
分子量理論値: 2.799292 KDa
配列文字列:
SDWNLWVPLG ILGIPTIWIA LTYR

UniProtKB: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain

+
分子 #8: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #9: BACTERIOCHLOROPHYLL B

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 38 / 式: BCB
分子量理論値: 909.488 Da
Chemical component information

ChemComp-BCB:
BACTERIOCHLOROPHYLL B

+
分子 #10: BACTERIOPHEOPHYTIN B

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN B / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: BPB
分子量理論値: 887.199 Da
Chemical component information

ChemComp-BPB:
BACTERIOPHEOPHYTIN B

+
分子 #11: Ubiquinone-9

分子名称: Ubiquinone-9 / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: UQ9
分子量理論値: 795.226 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ9:
Ubiquinone-9

+
分子 #12: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #13: SULFATE ION

分子名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 7 / 式: SO4
分子量理論値: 96.063 Da
Chemical component information

ChemComp-SO4:
SULFATE ION

+
分子 #14: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE

分子名称: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: LDA
分子量理論値: 229.402 Da
Chemical component information

ChemComp-LDA:
LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / LDAO, 可溶化剤*YM

+
分子 #15: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

+
分子 #16: 15-cis-1,2-dihydroneurosporene

分子名称: 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: NS5
分子量理論値: 540.904 Da
Chemical component information

ChemComp-NS5:
15-cis-1,2-dihydroneurosporene

+
分子 #17: all-trans-1,2-dihydroneurosporene

分子名称: all-trans-1,2-dihydroneurosporene / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 17 / 式: NS0
分子量理論値: 540.904 Da
Chemical component information

ChemComp-NS0:
all-trans-1,2-dihydroneurosporene

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

濃度4.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mMol / 構成要素 - 名称: HEPES / 詳細: 20 mMol HEPES, pH 7.8, 100 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 10 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: Blot for 3.5 seconds. Humidity: 99% Temperature:4C..
詳細Protein was solubilised by the use detergent of beta-DDM. The protein particle therefore contains a detergent belt in its hydrophobic region.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 6472 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 2.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Dose fractioned
粒子像選択選択した数: 267726 / 詳細: Protein was checked using negatively stained EM.
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06) / 詳細: gctf was used for CTF correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: EMAN2 was used for initial model creation by the use of 2d classes from relion 2d classification.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 267726
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
詳細: 166793 particles, 62.3% in total, were used for final 3D reconstruction
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-6et5:
Reaction centre light harvesting complex 1 from Blc. virids

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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