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万見
- EMDB-39022: FluPol-NS2 complex (hexamer) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39022
タイトルFluPol-NS2 complex (hexamer)
マップデータ
試料
  • 複合体: FluPol-NS2 complex (hexamer)
    • 複合体: FluPol
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: NS2
      • タンパク質・ペプチド: Nuclear export protein
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


exit of virus from host cell nucleus through nuclear pore / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm ...exit of virus from host cell nucleus through nuclear pore / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza nuclear export protein NS2 / Influenza non-structural protein (NS2) / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / : / : ...Influenza nuclear export protein NS2 / Influenza non-structural protein (NS2) / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2 / Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Nuclear export protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/Aichi/2/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A/Hong Kong/1/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Peng Q / Sun JQ
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81871658 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32192452 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NS2 stabilizes polymerase hexamer to regulate transcription-replication switch of influenza A virus
著者: Peng Q / Sun JQ
履歴
登録2024年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39022.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39022.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 560 pix.
= 498.4 Å		0.89 Å/pix.
x 560 pix.
= 498.4 Å		0.89 Å/pix.
x 560 pix.
= 498.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.0046868385 - 1.7928097
平均 (標準偏差)0.0015408131 (±0.025351364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 498.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FluPol-NS2 complex (hexamer)

全体名称: FluPol-NS2 complex (hexamer)
要素
  • 複合体: FluPol-NS2 complex (hexamer)
    • 複合体: FluPol
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: NS2
      • タンパク質・ペプチド: Nuclear export protein

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超分子 #1: FluPol-NS2 complex (hexamer)

超分子名称: FluPol-NS2 complex (hexamer) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: FluPol

超分子名称: FluPol / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Aichi/2/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: NS2

超分子名称: NS2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Aichi/2/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/nt/60/1968(H3N2)
分子量理論値: 84.625414 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHHHG SGSMEDFVRQ CFNPMIVELA EKAMKEYGED LKIETNKFAA ICTHLEVCFM YSDFHFINEQ GESIVVELDD PNALLKHRF EIIEGRDRTM AWTVVNSICN TTGAEKPKFL PDLYDYKENR FIEIGVTRRE VHIYYLEKAN KIKSENTHIH I FSFTGEEM ...文字列:
MHHHHHHHHG SGSMEDFVRQ CFNPMIVELA EKAMKEYGED LKIETNKFAA ICTHLEVCFM YSDFHFINEQ GESIVVELDD PNALLKHRF EIIEGRDRTM AWTVVNSICN TTGAEKPKFL PDLYDYKENR FIEIGVTRRE VHIYYLEKAN KIKSENTHIH I FSFTGEEM ATKADYTLDE ESRARIKTRL FTIRQEMANR GLWDSFRQSE RGEETIEERF EITGTMRRLA DQSLPPNFSC LE NFRAYVD GFEPNGYIEG KLSQMSKEVN AKIEPFLKTT PRPIRLPDGP PCFQRSKFLL MDALKLSIED PSHEGEGIPL YDA IKCMRT FFGWKEPYIV KPHEKGINPN YLLSWKQVLA ELQDIENEEK IPRTKNMKKT SQLKWALGEN MAPEKVDFDN CRDV SDLKQ YDSDEPELRS LSSWIQNEFN KACELTDSTW IELDEIGEDV APIEYIASMR RNYFTAEVSH CRATEYIMKG VYINT ALLN ASCAAMDDFQ LIPMISKCRT KEGRRKTNLY GFIIKGRSHL RNDTDVVNFV SMEFSLTDPR LEPHKWEKYC VLEIGD MLL RSAIGQMSRP MFLYVRTNGT SKIKMKWGME MRRCLLQSLQ QIESMIEAES SVKEKDMTKE FFENKSETWP IGESPKG VE DGSIGKVCRT LLAKSVFNSL YASPQLEGFS AESRKLLLVV QALRDNLEPG TFDLEGLYEA IEECLINDPW VLLNASWF N SFLTHALR

UniProtKB: Polymerase acidic protein

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Hong Kong/1/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968(H3N2)
分子量理論値: 86.524086 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DRLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK ...文字列:
MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DRLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK DVMESMDKEE MEITTHFQRK RRVRDNMTKK MVTQRTIGKK KQRVNKRSYL IRALTLNTMT KDAERGKLKR RA IATPGMQ IRGFVYFVET LARSICEKLE QSGLPVGGNE KKAKLANVVR KMMTNSQDTE LSFTITGDNT KWNENQNPRM FLA MITYIT KNQPEWFRNV LSIAPIMFSN KMARLGKGYM FESKSMKLRT QIPAEMLASI DLKYFNESTR KKIEKIRPLL IDGT ASLSP GMMMGMFNML STVLGVSILN LGQKRYTKTT YWWDGLQSSD DFALIVNAPN HEGIQAGVDR FYRTCKLVGI NMSKK KSYI NRTGTFEFTS FFYRYGFVAN FSMELPSFGV SGINESADMS IGVTVIKNNM INNDLGPATA QMALQLFIKD YRYTYR CHR GDTQIQTRRS FELKKLWEQT RSKAGLLVSD GGPNLYNIRN LHIPEVCLKW ELMDEDYQGR LCNPLNPFVS HKEIESV NN AVVMPAHGPA KSMEYDAVAT THSWIPKRNR SILNTSQRGI LEDEQMYQKC CNLFEKFFPS SSYRRPVGIS SMVEAMVS R ARIDARIDFE SGRIKKEEFA EIMKICSTIE ELRRQK

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

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分子 #3: Polymerase basic protein 2

分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/nt/60/1968(H3N2)
分子量理論値: 89.49593 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MERIKELRNL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPSLRMKWM MAMKYPITAD KRITEMVPER NEQGQTLWSK MSDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPMTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF ...文字列:
MERIKELRNL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPSLRMKWM MAMKYPITAD KRITEMVPER NEQGQTLWSK MSDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPMTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF PNEVGARILT SESQLTITKE KKEELQDCKI SPLMVAYMLE RELVRKTRFL PVAGGTSSVY IEVLHLTQGT CW EQMYTPG GEVRNDDVDQ SLIIAARNIV RRAAVSADPL ASLLEMCHST QIGGTRMVDI LRQNPTEEQA VDICKAAMGL RIS SSFSFG GFTFKRTSGS SIKREEELLT GNLQTLKIRV HDGYEEFTMV GKRATAILRK ATRRLVQLIV SGRDEQSVAE AIIV AMVFS QEDCMIKAVR GDLNFVNRAN QRLNPMHQLL RHFQKDAKVL FQNWGIEHID NVMGMIGVLP DMTPSTEMSM RGIRV SKMG VDEYSSTERV VVSIDRFLRV RDQRGNVLLS PEEVSETQGT EKLTITYSSS MMWEINGPES VLVNTYQWII RNWETV KIQ WSQNPTMLYN KMEFEPFQSL VPKAIRGQYS GFVRTLFQQM RDVLGTFDTT QIIKLLPFAA APPKQSRMQF SSLTVNV RG SGMRILVRGN SPAFNYNKTT KRLTILGKDA GTLIEDPDEG TSGVESAVRR GFLILGKEDR RYGPALSINE LSNLAKGE K ANVLIGQGDV VLVMKRKRDS SILTDSQTAT KRIRMAINGW SHPQFEKGGG SGGGSGGSAW SHPQFEKGRS G

UniProtKB: Polymerase basic protein 2

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分子 #4: Nuclear export protein

分子名称: Nuclear export protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Hong Kong/1/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2
分子量理論値: 14.355328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDSNTVSSFQ DILLRMSKMQ LGSSSEDLNG MITQFESLKL YRDSLGEAVM RMGDLHSLQN RNGKWREQLG QKFEEIRWLI EEVRHRLKT TENSFEQITF MQALQLLFEV EQEIRTFSFQ LI

UniProtKB: Nuclear export protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 351243
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る