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- EMDB-39002: Composite cryo-EM map of PhiKZ capsid after applying the "block-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39002
タイトルComposite cryo-EM map of PhiKZ capsid after applying the "block-based" reconstruction method
マップデータ
試料
  • ウイルス: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
キーワードphiKZ / capsid protein / viral assembly / Pseudomonas aeruginosa / jumbo phage / VIRUS
生物種Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yang Y / Shao Q / Guo M / Han L / Zhao X / Wang A / Li X / Wang B / Pan J / Chen Z ...Yang Y / Shao Q / Guo M / Han L / Zhao X / Wang A / Li X / Wang B / Pan J / Chen Z / Fokine A / Sun L / Fang Q
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFC2302500 中国
Shenzhen Medical Research FundD2301008 中国
Shenzhen Science and Technology ProgramZDSYS20230626091203007 中国
R&D Program of Guangzhou LaboratorySRPG22-003 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Capsid structure of bacteriophage ΦKZ provides insights into assembly and stabilization of jumbo phages.
著者: Yashan Yang / Qianqian Shao / Mingcheng Guo / Lin Han / Xinyue Zhao / Aohan Wang / Xiangyun Li / Bo Wang / Ji-An Pan / Zhenguo Chen / Andrei Fokine / Lei Sun / Qianglin Fang /
要旨: Jumbo phages are a group of tailed bacteriophages with large genomes and capsids. As a prototype of jumbo phage, ΦKZ infects Pseudomonas aeruginosa, a multi-drug-resistant (MDR) opportunistic ...Jumbo phages are a group of tailed bacteriophages with large genomes and capsids. As a prototype of jumbo phage, ΦKZ infects Pseudomonas aeruginosa, a multi-drug-resistant (MDR) opportunistic pathogen leading to acute or chronic infection in immunocompromised individuals. It holds potential to be used as an antimicrobial agent and as a model for uncovering basic phage biology. Although previous low-resolution structural studies have indicated that jumbo phages may have more complicated capsid structures than smaller phages such as HK97, the detailed structures and the assembly mechanism of their capsids remain largely unknown. Here, we report a 3.5-Å-resolution cryo-EM structure of the ΦKZ capsid. The structure unveiled ten minor capsid proteins, with some decorating the outer surface of the capsid and the others forming a complex network attached to the capsid's inner surface. This network seems to play roles in driving capsid assembly and capsid stabilization. Similar mechanisms of capsid assembly and stabilization are probably employed by many other jumbo viruses.
履歴
登録2024年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39002.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0165
最小 - 最大-0.08208482 - 0.12954655
平均 (標準偏差)0.0005346959 (±0.0042417184)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-500-500-500
サイズ100010001000
Spacing100010001000
セルA=B=C: 1600.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Phikzvirus phiKZ

全体名称: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: gp28
    • タンパク質・ペプチド: gp35
    • タンパク質・ペプチド: gp85
    • タンパク質・ペプチド: gp86
    • タンパク質・ペプチド: gp91
    • タンパク質・ペプチド: gp93
    • タンパク質・ペプチド: gp119
    • タンパク質・ペプチド: gp120
    • タンパク質・ペプチド: gp162
    • タンパク質・ペプチド: gp184
    • タンパク質・ペプチド: gp244

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超分子 #1: Phikzvirus phiKZ

超分子名称: Phikzvirus phiKZ / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 169683 / 生物種: Phikzvirus phiKZ / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 27

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分子 #1: gp28

分子名称: gp28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
分子量理論値: 36.511871 KDa
配列文字列: MFLLPYETTV CKTLYNPTGG GKLYPKQYVD QIENAIKKAN VYLPIPPVDA RNGETLEHSG QITPVDDFED IKKFTQIVNI GDRDNPKLV VDARLYKKIE QRTGIPRIIQ QNEWQFQYIR MALNIKLLRE GPDFLHRLGD IPVKVFYNWI SGILTQKYSL P PESTQAIW ...文字列:
MFLLPYETTV CKTLYNPTGG GKLYPKQYVD QIENAIKKAN VYLPIPPVDA RNGETLEHSG QITPVDDFED IKKFTQIVNI GDRDNPKLV VDARLYKKIE QRTGIPRIIQ QNEWQFQYIR MALNIKLLRE GPDFLHRLGD IPVKVFYNWI SGILTQKYSL P PESTQAIW VICAVYYFAM QDDDLTEPGQ ERDRLIPIIS RLTYIPAGFI ADVIDTLGPL HNAGDLAYEI STNGRSIRMG KL KFSDLQL LVSPSWFGTA SRENVGVALE HMPTYITLIY MALADRSYRK TVLSQKVEMI SRSDDASRFI NLVNEAVSSQ FVK

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分子 #2: gp35

分子名称: gp35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
分子量理論値: 29.713783 KDa
配列文字列: MAKRKARAVS APVTLSEISE IPNEVTNAED SVNELETTPT EIVSTESSEN ENTTADSENT AATDSTTDEE SEDTSSTEAN GDGESEEPD LSENQEDPKE PIETPEEPVE DDDGSGDPDG GTSEEKPTEG DPEDPEEPTE PTDPEEPTDP VDPVEPPPEE P KAFQLNLA ...文字列:
MAKRKARAVS APVTLSEISE IPNEVTNAED SVNELETTPT EIVSTESSEN ENTTADSENT AATDSTTDEE SEDTSSTEAN GDGESEEPD LSENQEDPKE PIETPEEPVE DDDGSGDPDG GTSEEKPTEG DPEDPEEPTE PTDPEEPTDP VDPVEPPPEE P KAFQLNLA TVKSQFGDLP TYWAIELIKR YFSAPPAIYI PDVVDNPDFK IMVQQVKFFG NGLRPIYNSK NMITFTTMLE GA SEATILE DMKKQQPALL SLLPWYDPNA EIDK

+
分子 #3: gp85

分子名称: gp85 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
分子量理論値: 16.438799 KDa
配列文字列:
MQQLGFELSR ILKQLPNLGG SDRKTRAMLL ANAVALQIPF ETLLDFDEQQ DKAVAKFKKI LSKVNENIAV DTKLAVTYFN NILRIRQSL ITGITDPCLV KAVLTSDTAN DYLTVDDVNI VSAVVNGPDY NRIQADMGNA LNQLIGSIDE

+
分子 #4: gp86

分子名称: gp86 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
分子量理論値: 48.893793 KDa
配列文字列: MSEVKPMSHV KEVDVEEEKL FFDENQPEMV EGEEETVSSA SAPEVLAKMC VAVEAIHQLS DIYAITKLEG VSKPDVDGIR ALVKRMSTE GFEAPKKAVA SLEQYASMFT PTRSTLNVTI SQEAVMATII NTLKTWFEKL MELFAKLIRW ISDFKKRDVV V ATRYGKIV ...文字列:
MSEVKPMSHV KEVDVEEEKL FFDENQPEMV EGEEETVSSA SAPEVLAKMC VAVEAIHQLS DIYAITKLEG VSKPDVDGIR ALVKRMSTE GFEAPKKAVA SLEQYASMFT PTRSTLNVTI SQEAVMATII NTLKTWFEKL MELFAKLIRW ISDFKKRDVV V ATRYGKIV RAVDQARTLF QELLVKNRLG NRKDALLEKF DAIAQSIIDD PKILASRIYA AAFGSVYYQK EIININNEAR TE LGTMEKL VGTIIEYVNY NGDDYRALMP IANIREIGKL ATRCNELSTV YPDRSSIPDF PDKNFWKNSH LLKDRFVAPL DDL LKAYRN SSDALRKLKQ LSRNYSQETI DAIGESVQLI NTSLEGMRRI TDTMFEYSQA QYLAASCVLN YYGKCAQVVS EDYK IHGFN DAIREWQRRF DKVIDDFKRG YAM

+
分子 #5: gp91

分子名称: gp91 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
分子量理論値: 20.817568 KDa
配列文字列:
MEGIDMPATN AVRPFGRNYS GGQQQAISRF TARPGDPQVE ELYLIFTNFP AQTAYWEFHK KVLACAIRLF SGNYNWFILQ DNNSNIDSY NYQFLLDTVR YIATGHRRIS ITQWPMLLAT EPDAGAQLIE PRAEIATLFN ELKLDLDTVS MIQNWVKHKN G MNDLMYTL HLLFGSVEVI DKD

+
分子 #6: gp93

分子名称: gp93 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
分子量理論値: 47.656105 KDa
配列文字列: MSLLKMLDKL SLESIEDQGT TIHGDVELVV ENETSADVSS VLAEVDQIEN NPVEEVLDAD DAVQPTALDT EVTIVQAEDE LGLIEDAKE ALEKFQGLLL QAGEDGISRQ AAAFMHVGME SIDRILGIEK SGLTAALENY DASPRSAIQK AAVISLEDLK E KLKEAGKK ...文字列:
MSLLKMLDKL SLESIEDQGT TIHGDVELVV ENETSADVSS VLAEVDQIEN NPVEEVLDAD DAVQPTALDT EVTIVQAEDE LGLIEDAKE ALEKFQGLLL QAGEDGISRQ AAAFMHVGME SIDRILGIEK SGLTAALENY DASPRSAIQK AAVISLEDLK E KLKEAGKK ALEIIKKIVA MIKQKIKDFN PKLIALDMRI TKTIDAIKSL KAGDLKKEEI KFTPSEYMVS SSGFIANNPK TI ADFMTVF STQYVSALRK YGELGVRYLK GDKSIDIDQV TSDLQAKMAE DINKAVEKAP GNVKLEVTSS KSGVNKWEVV EGD GETDLH EVEVDVRAPS KILAHLNILK GLVIKLQDFN KIDYKIAENL EKALADWNPD EAGMSKETAR DALNIGGIDN SALV NYIAK CIAAQYTFIV KHELAAYGKE TSKAPENDEK

+
分子 #7: gp119

分子名称: gp119 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
分子量理論値: 20.25399 KDa
配列文字列:
MTQVLVMPKA VFESYKTAGV QFNKLLDTNY IVSETSVNDL AEIHQALTAF PFLLPEKLDI KLAVSPIIKV AELGEIDGPE QFKMKDLHN RLESRLATNE LRDAGNRNLV YDYYLYPVDE NLWVAVQQSA HIASSDPRRV SIQLNHTFFD SMINEMLNTR P RESVASTQ IFTYYLESC

+
分子 #8: gp120

分子名称: gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 27 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
分子量理論値: 83.022883 KDa
配列文字列: MSVHALRELF KHKGEKNYEV FSMEDFIGRL ESEIGLNDSV VSQGRSLISS ISHENFGTVQ ATDIQDAAAI YNKMQMLVND YGFERVSSS DPQVRAREER VRENQITAAT MAAIACADET KYIRALRGIT KAKASNEDHV KVVQHQFNGP AGGIQVFENG V GLENYNEK ...文字列:
MSVHALRELF KHKGEKNYEV FSMEDFIGRL ESEIGLNDSV VSQGRSLISS ISHENFGTVQ ATDIQDAAAI YNKMQMLVND YGFERVSSS DPQVRAREER VRENQITAAT MAAIACADET KYIRALRGIT KAKASNEDHV KVVQHQFNGP AGGIQVFENG V GLENYNEK SQRDFRVVTI GYNLAASRQD EFAERIYPTT VINPIEGGVV QVLPYIAVMK DVYHEVSGVK MDNEEVNMVE AY RDPSILD DESIALIPAL DPAGSNADFF VDPALVPPYT IKNEQNLTIT TAPLKANVRL DLMGNSNANL LIQRGMLEVS DTI DPAGRL KNLFVLLGGK VVKFKVDRLP RAVFQPDLVG DTRNAVIRFD SDDLVVSGDT TFIDGSADGV INDLKTAKLS LRLS VGFGG TISLSKGDSK FGATDTYVDK VLNEDGQVMD NADPAVKAIL DQLTDLAVIG FELDTRFTNT NRRQRGHLLQ TRALQ FRHP IPMHAPVTLP MDTMTDEGPG EVVKALTVNT NIRNSNNAVK RMLNYLAQLR EVVHNGYNRP KFGIIEGALS AVMRPT YRY KELDLEKVID TIKSKDRWDD VCAAILNCVK AELFPAHRDS NIEAAFRVIS GNQDETPMYL FCSDKEIANY LMTKGDD RT LGAYLKYDIV STNNQLFDGK LVVIPTRAVQ QENDILSWGQ FFYVSTVIAD LPITRGGHQV TREIAAIPFN LHVNNIPF A LEFKITGFQK VMGETQFNGK LADLKP

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分子 #9: gp162

分子名称: gp162 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
分子量理論値: 57.705137 KDa
配列文字列: MAKKKTVPAM DFFASLERVS DAEDKNVNLD VGKELPEQLK DDEDGKVNPC DEVTNVVTNT PIDVCKGPDV DGTADKINDK KIHVSQGLK EFQVAKGDRV ENEITETADE MITKVSDTKD LNVSTKKPHQ IADVPSNEDI SIMEANETEQ LDHGYDATAL L ETTEDIIT ...文字列:
MAKKKTVPAM DFFASLERVS DAEDKNVNLD VGKELPEQLK DDEDGKVNPC DEVTNVVTNT PIDVCKGPDV DGTADKINDK KIHVSQGLK EFQVAKGDRV ENEITETADE MITKVSDTKD LNVSTKKPHQ IADVPSNEDI SIMEANETEQ LDHGYDATAL L ETTEDIIT GELDDHLESL SVEMFTIVNE LTKVESVQTA LENYIGLVSN RHHRGHDVDH DLAKAISIAL ESFDYKYFNN TV PSMESFI SPLTRPKASI EVLDNLQAKA KEVSTVALDF IKKLIRIVVE TYQRIRQNVS NQIERVNKIM KRVKENELPD EVR TIAIPR DLILGDTGES WVGVDPVQGV TVIRNLFDSI EKNGLRALKA ALAGKTTDDK ALALAKGMFG TATKINANGV RYAS PVVPG NRVYTFGKDK AAVDFSILDA PGKPNYGITV ELLVDKNVVM AQLKAVHNLL NHLNNIRGIS KESTAEIIAQ MTDKE ATNV GKAYLTGTTE ASNDLFKCVM IWITVLEKLV DSEIKETE

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分子 #10: gp184

分子名称: gp184 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
分子量理論値: 25.300836 KDa
配列文字列: MSKPNLEWLA SLESKEAKST VDSSDMDNDQ KEGSDKSQQD EATEPEKKIT ATDVQIAIEE YARIRALTTT KDLPTDPEPG DTYHVNGVD WIYQEDGGWV TMQGIYGHEH FDENGLNIEA SGIDQKSGAT KRYVVTGYNA QTNPAAMPGD NLTECVILMQ N GLVPEVGV ...文字列:
MSKPNLEWLA SLESKEAKST VDSSDMDNDQ KEGSDKSQQD EATEPEKKIT ATDVQIAIEE YARIRALTTT KDLPTDPEPG DTYHVNGVD WIYQEDGGWV TMQGIYGHEH FDENGLNIEA SGIDQKSGAT KRYVVTGYNA QTNPAAMPGD NLTECVILMQ N GLVPEVGV NGLTADCLLK IVKDLFEGYQ AGPFACEENQ VVINSMDRAL SAIHQRLVRR KEQGTEGTYS GN

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分子 #11: gp244

分子名称: gp244 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
分子量理論値: 13.427183 KDa
配列文字列:
MPTYIELINI VNDDTPEDDA VISDLMSQMN DKQTVLDSCR INHKGNAYFK FHVKGSISKD KLKALNETLK DSNLVVTDAS TQRGFMPPN KFDDITYTEE SVGYRAMVWT SFTIEKLLV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 903900
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る