EMDB-38952: 45S state d under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-38952

タイトル

45S state d under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA

マップデータ

試料

複合体: 45S state a under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA

キーワード

pre50S / ribosome / DbpA

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å

データ登録者

Yu T / Zeng F

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: PTC remodeling in pre50S intermediates: insights into the role of DEAD-box RNA helicase DbpA
著者: Yu T / Yu Q / Jiang J / Li X / Huang Z / Zeng F

履歴

登録	2024年2月1日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年2月14日	-
マップ公開	2024年2月14日	-
更新	2024年2月14日	-
現状	2024年2月14日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_38952.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_38952.map.gz	20 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-38952-v30.xml emd-38952.xml	11.4 KB 11.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_38952_fsc.xml	13.6 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_38952.png	102.4 KB
Filedesc metadata	emd-38952.cif.gz	3.7 KB
その他	emd_38952_half_map_1.map.gz emd_38952_half_map_2.map.gz	171.3 MB 171.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38952 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38952	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_38952_validation.pdf.gz	1020.6 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_38952_full_validation.pdf.gz	1020.2 KB	表示
XML形式データ	emd_38952_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	emd_38952_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38952 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38952	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	38950C 38951C 38956C 38957C 38958C 38963C C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_38952.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.05 Å/pix. x 384 pix. = 403.2 Å	1.05 Å/pix. x 384 pix. = 403.2 Å	1.05 Å/pix. x 384 pix. = 403.2 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.05 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.0025
最小 - 最大	-0.044860255 - 0.05894962
平均 (標準偏差)	0.000051000967 (±0.002254199)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_38952_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_38952_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : 45S state a under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA

全体	名称: 45S state a under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA
要素	複合体: 45S state a under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA

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超分子 #1: 45S state a under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA

超分子	名称: 45S state a under 1 mM magnesium when overexpressing wild type DbpA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 22586
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8474
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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