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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | 3up-TM conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor | |||||||||
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![]() | HCoV-HKU1 / VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell ...transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
![]() | Xia LY / Zhang YY / Zhou Q | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the recognition of HCoV-HKU1 by human TMPRSS2. 著者: Lingyun Xia / Yuanyuan Zhang / Qiang Zhou / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 230.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 91.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 226.6 MB 226.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8y1eMC ![]() 8y19C ![]() 8y1aC ![]() 8y1bC ![]() 8y1cC ![]() 8y1dC ![]() 8y1fC ![]() 8y1gC ![]() 8y1hC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38833_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38833_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : 3up-TM conformation of HKU1-B S protein after incubation of the r...
全体 | 名称: 3up-TM conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: 3up-TM conformation of HKU1-B S protein after incubation of the r...
超分子 | 名称: 3up-TM conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 143.475344 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MFLIIFILPT TLAVIGDFNC TNSFINDYNK TIPRISEDVV DVSLGLGTYY VLNRVYLNTT LLFTGYFPKS GANFRDLALK GSKYLSTLW YKPPFLSDFN NGIFSKVKNT KLYVNNTLYS EFSTIVIGSV FVNTSYTIVV QPHNGILEIT ACQYTMCEYP H TVCKSKGS ...文字列: MFLIIFILPT TLAVIGDFNC TNSFINDYNK TIPRISEDVV DVSLGLGTYY VLNRVYLNTT LLFTGYFPKS GANFRDLALK GSKYLSTLW YKPPFLSDFN NGIFSKVKNT KLYVNNTLYS EFSTIVIGSV FVNTSYTIVV QPHNGILEIT ACQYTMCEYP H TVCKSKGS IRNESWHIDS SEPLCLFKKN FTYNVSADWL YFHFYQERGV FYAYYADVGM PTTFLFSLYL GTILSHYYVM PL TCKAISS NTDNETLEYW VTPLSRRQYL LNFDEHGVIT NAVDCSSSFL SEIQCKTQSF APNTGVYDLS GFTVKPVATV YRR IPNLPD CDIDNWLNNV SVPSPLNWER RIFSNCNFNL STLLRLVHVD SFSCNNLDKS KIFGSCFNSI TVDKFAIPNR RRDD LQLGS SGFLQSSNYK IDISSSSCQL YYSLPLVNVT INNFNPSSWN RRYGFGSFNV SSYDVVYSDH CFSVNSDFCP CADPS VVNS CVKSKPLSAI CPAGTKYRHC DLDTTLYVNN WCRCSCLPDP ISTYSPNTCP QKKVVVGIGE HCPGLGINEE KCGTQL NHS SCSCSPDAFL GWSFDSCISN NRCNIFSNFI FNGINSGTTC SNDLLYSNTE VSTGVCVNYD LYGITGQGIF KEVSAAY YN NWQNLLYDSN GNIIGFKDFL TNKTYTILPC YSGRVSAAFY QNSSSPALLY RNLKCSYVLN NISFISQPFY FDSYLGCV L NAVNLTSYSV SSCDLRMGSG FCIDYALPSS GSASRGISSP YRFVTFEPFN VSFVNDSVET VGGLFEIQIP TNFTIAGHE EFIQTSSPKV TIDCSAFVCS NYAACHDLLS EYGTFCDNIN SILNEVNDLL DITQLQVANA LMQGVTLSSN LNTNLHSDVD NIDFKSLLG CLGSQCGSSS RSLLEDLLFN KVKLSDVGFV EAYNNCTGGS EIRDLLCVQS FNGIKVLPPI LSETQISGYT T AATVAAMF PPWSAAAGVP FSLNVQYRIN GLGVTMDVLN KNQKLIANAF NKALLSIQNG FTATNSALAK IQSVVNANAQ AL NSLLQQL FNKFGAISSS LQEILSRLDP PEAQVQIDRL INGRLTALNA YVSQQLSDIT LIKAGASRAI EKVNECVKSQ SPR INFCGN GNHILSLVQN APYGLLFIHF SYKPTSFKTV LVSPGLCLSG DRGIAPKQGY FIKQNDSWMF TGSSYYYPEP ISDK NVVFM NSCSVNFTKA PFIYLNNSIP NLSDFEAEFS LWFKNHTSIA PNLTFNSHIN ATFLDLYYEM NVIQESIKSL NSSFI NLKE IGTYEM UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: Transmembrane protease serine 2
分子 | 名称: Transmembrane protease serine 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: transmembrane protease serine 2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 42.368785 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGSKCSNSGI ECDSSGTCIN PSNWCDGVSH CPGGEDENRC VRLYGPNFIL QVYSSQRKSW HPVCQDDWNE NYGRAACRDM GYKNNFYSS QGIVDDSGST SFMKLNTSAG NVDIYKKLYH SDACSSKAVV SLRCIACGVN LNSSRQSQIV GGESALPGAW P WQVSLHVQ ...文字列: MGSKCSNSGI ECDSSGTCIN PSNWCDGVSH CPGGEDENRC VRLYGPNFIL QVYSSQRKSW HPVCQDDWNE NYGRAACRDM GYKNNFYSS QGIVDDSGST SFMKLNTSAG NVDIYKKLYH SDACSSKAVV SLRCIACGVN LNSSRQSQIV GGESALPGAW P WQVSLHVQ NVHVCGGSII TPEWIVTAAH CVEKPLNNPW HWTAFAGILR QSFMFYGAGY QVEKVISHPN YDSKTKNNDI AL MKLQKPL TFNDLVKPVC LPNPGMMLQP EQLCWISGWG ATEEKGKTSE VLNAAKVLLI ETQRCNSRYV YDNLITPAMI CAG FLQGNV DSCQGDSGGP LVTSKNNIWW LIGDTSWGSG CAKAYRPGVY GNVMVFTDWI YRQMRADG UniProtKB: Transmembrane protease serine 2 |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 51 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |