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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38394 | |||||||||
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タイトル | The Cryo-EM structure of MPXV E5 apo conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | primase / helicase / REPLICATION | |||||||||
機能・相同性 | DNA primase/nucleoside triphosphatase, C-terminal / Poxvirus D5 protein-like / Bacteriophage/plasmid primase, P4, C-terminal / D5 N terminal like / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / hydrolase activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Uncoating factor OPG117 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Monkeypox virus (サル痘ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang W / Liu Y / Gao H / Gan J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Structural and functional insights into the helicase protein E5 of Mpox virus. 著者: Weizhen Zhang / Yusong Liu / Mengquan Yang / Jie Yang / Zhiwei Shao / Yanqing Gao / Xinran Jiang / Ruixue Cui / Yixi Zhang / Xin Zhao / Qiyuan Shao / Chulei Cao / Huili Li / Linxi Li / Hehua ...著者: Weizhen Zhang / Yusong Liu / Mengquan Yang / Jie Yang / Zhiwei Shao / Yanqing Gao / Xinran Jiang / Ruixue Cui / Yixi Zhang / Xin Zhao / Qiyuan Shao / Chulei Cao / Huili Li / Linxi Li / Hehua Liu / Haishan Gao / Jianhua Gan / 要旨: Mpox virus (MPXV) can cause mpox in humans. Due to its quick and wide spread in the past two years, mpox has turned into a significant public health concern. Helicase E5 is a multi-domain protein; ...Mpox virus (MPXV) can cause mpox in humans. Due to its quick and wide spread in the past two years, mpox has turned into a significant public health concern. Helicase E5 is a multi-domain protein; its primer synthesis and DNA unwinding activity are required for genome uncoating and DNA replication of MPXV. However, the in vitro DNA unwinding activity has never been demonstrated. Here, we report the structural and biochemical studies of MPXV E5, showing that the full-length protein adopts an auto-inhibited conformation. Truncation of the N-terminus can recover the in vitro unwinding activity of E5 towards the forked DNA. Further structural analysis reveals that MPXV E5 shares a conserved mechanism in DNA unwinding and primer synthesis with the homologous proteins. These findings not only advance our understanding on the function of MPXV E5, but also provide a solid basis for the development of anti-poxvirus drugs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38394.map.gz | 79.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38394-v30.xml emd-38394.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38394_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38394.png | 57.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38394.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_38394_half_map_1.map.gz emd_38394_half_map_2.map.gz | 77.8 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38394 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38394 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38394_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38394_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38394_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38394_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38394 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38394 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38394.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0773 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38394_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38394_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Monkeypox virus
全体 | 名称: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Monkeypox virus
超分子 | 名称: Monkeypox virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 10244 / 生物種: Monkeypox virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Monkeypox virus E5
分子 | 名称: Monkeypox virus E5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 90.476344 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDAAIRGNDV IFVLKTIGVP SACRQNEDPR FVEAFKCDEL ERYIDNNPEC TLFESLRDEE AYSIVRIFMD VDLDACLDEI DYLTAIQDF IIEVSNCVAR FAFTECGAIH ENVIKSMRSN FSLTKSTNRD KTSFHIIFLD TYTTMDTLIA MKRTLLELSR S SENPLTRS ...文字列: MDAAIRGNDV IFVLKTIGVP SACRQNEDPR FVEAFKCDEL ERYIDNNPEC TLFESLRDEE AYSIVRIFMD VDLDACLDEI DYLTAIQDF IIEVSNCVAR FAFTECGAIH ENVIKSMRSN FSLTKSTNRD KTSFHIIFLD TYTTMDTLIA MKRTLLELSR S SENPLTRS IDTAVYRRKT TLRVVGTRKN PNCDTIHVMQ PPHDNIEDYL FTYVDMNNNS YYFSLQRRLE DLVPDKLWEP GF ISFEDAI KRVSKIFINS IINFNDLDEN NFTTVPLVID YVTPCALCKK RSHKHPHQLS LENGAIRIYK TGNPHSCKVK IVP LDGNKL FNIAQRILDT NSVLLTERGD HIVWINNSWK FNSEEPLITK LILSIRHQLP KEYSSELLCP RKRKTVEANI RDML VDSVE TDTYPDKLPF KNGVLDLVDG MFYSGDDAKK YTCTVSTGFK FDDTKFVEDS PEMEELMNII NDIQPLTDEN KKNRE LYEK TLSSCLCGAT KGCLTFFFGE TATGKSTTKR LLKSAIGDLF VETGQTILTD VLDKGPNPFI ANMHLKRSVF CSELPD FAC SGSKKIRSDN IKKLTEPCVI GRPCFSNKIN NRNHATIIID TNYKPVFDRI DNALMRRIAV VRFRTHFSQP SGREAAE NN DAYDKVKLLD EGLDGKIQNN RYRFAFLYLL VKWYKKYHIP IMKLYPTPEE IPDFAFYLKI GTLLVSSSVK HIPLMTDL S KKGYILYDNV VTLPLTTFQQ KISKYFNSRL FGHDIESFIN RHKKFANVSD EYLQYIFIED ISSP UniProtKB: Uncoating factor OPG117 |
-分子 #2: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: ANP |
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分子量 | 理論値: 506.196 Da |
Chemical component information | ChemComp-ANP: |
-分子 #3: AMP PHOSPHORAMIDATE
分子 | 名称: AMP PHOSPHORAMIDATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: AN2 |
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分子量 | 理論値: 426.216 Da |
Chemical component information | ChemComp-AN2: |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |