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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38388 | |||||||||
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タイトル | Structure of pasireotide-SSTR3 G protein complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR / SSTR3 / pasireotide / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 somatostatin receptor activity / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / neuropeptide binding / non-motile cilium / cellular response to glucocorticoid stimulus / ciliary membrane / response to starvation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway ...somatostatin receptor activity / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / neuropeptide binding / non-motile cilium / cellular response to glucocorticoid stimulus / ciliary membrane / response to starvation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway / forebrain development / Peptide ligand-binding receptors / cerebellum development / cellular response to estradiol stimulus / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / cilium / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G beta:gamma signalling through CDC42 / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / G alpha (z) signalling events / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / cell-cell signaling / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / spermatogenesis / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / lysosomal membrane / signaling receptor binding / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang Y / Xu Y / Xu HE / Zhuang Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Selective ligand recognition and activation of somatostatin receptors SSTR1 and SSTR3 著者: Wang Y / Xu Y / He X / Fan W / Wu K / Hu W / Cheng X / Sun S / Xu HE / Zhuang Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38388.map.gz | 62.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38388-v30.xml emd-38388.xml | 21 KB 21 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38388.png | 40.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38388.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_38388_additional_1.map.gz emd_38388_half_map_1.map.gz emd_38388_half_map_2.map.gz | 117.9 MB 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38388 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38388 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38388_validation.pdf.gz | 911.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38388_full_validation.pdf.gz | 911.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38388_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38388_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38388 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38388 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38388.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.824 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_38388_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38388_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38388_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pasireotide-SSTR3 G protein complex
全体 | 名称: Pasireotide-SSTR3 G protein complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Pasireotide-SSTR3 G protein complex
超分子 | 名称: Pasireotide-SSTR3 G protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 160 KDa |
-分子 #1: Somatostatin receptor type 3
分子 | 名称: Somatostatin receptor type 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 45.953258 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MDMLHPSSVS TTSEPENASS AWPPDATLGN VSAGPSPAGL AVSGVLIPLV YLVVCVVGLL GNSLVIYVVL RHTASPSVTN VYILNLALA DELFMLGLPF LAAQNALSYW PFGSLMCRLV MAVDGINQFT SIFCLTVMSV DRYLAVVHPT RSARWRTAPV A RTVSAAVW ...文字列: MDMLHPSSVS TTSEPENASS AWPPDATLGN VSAGPSPAGL AVSGVLIPLV YLVVCVVGLL GNSLVIYVVL RHTASPSVTN VYILNLALA DELFMLGLPF LAAQNALSYW PFGSLMCRLV MAVDGINQFT SIFCLTVMSV DRYLAVVHPT RSARWRTAPV A RTVSAAVW VASAVVVLPV VVFSGVPRGM STCHMQWPEP AAAWRAGFII YTAALGFFGP LLVICLCYLL IVVKVRSAGR RV WAPSCQR RRRSERRVTR MVVAYVALFV LCWMPFYVLN IVNVVCPLPE EPAFFGLYFL VVALPYANSC ANPILYGFLS YRF KQGFRR VLLRPSRRVR SQEPTVGPPE KTEEEDEEEE DGEESREGGK GKEMNGRVSQ ITQPGTSGQE RPPSRVASKE QQLL PQEAS TGEKSSTMRI SYL UniProtKB: Somatostatin receptor type 3 |
-分子 #2: G-alpha i
分子 | 名称: G-alpha i / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 41.641207 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGAQRDER RKWIQCFNDV TAIIFVVDSS DYNRLQEALN DF KSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED YFPEFARYTT PEDATPEPGE DPRVTRAKYF IRDEFLRIST ASG DGRHYC YPHFTCSVDT ENARRIFNDV TDIIIKMNLR DCGLF |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 41.055867 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI ...文字列: MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI VTSSGDTTCA LWDIETGQQT TTFTGHTGDV MSLSLAPDTR LFVSGACDAS AKLWDVREGM CRQTFTGHES DI NAICFFP NGNAFATGSD DATCRLFDLR ADQELMTYSH DNIICGITSV SFSKSGRLLL AGYDDFNCNV WDALKADRAG VLA GHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWNGSSGG GGSGGGGSSG VSGWRLFKKI S UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #4: nanobody Nb35
分子 | 名称: nanobody Nb35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 16.926076 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGFT FSNYKMNWVR QAPGKGLEWV SDISQSGASI SYTGSVKGR FTISRDNAKN TLYLQMNSLK PEDTAVYYCA RCPAPFTRDC FDVTSTTYAY RGQGTQVTVS SHHHHHH |
-分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #6: Pasireotide
分子 | 名称: Pasireotide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 1.066229 KDa |
配列 | 文字列: (004)(DTR)K(TY5)F(A1D5E) |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 12 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 252565 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |